طالب مركز ابن خلدون،الرئيس محمد مرسى، بالتراجع فوراً عن تنفيذ الاستفتاء والسير قدماً نحو تشكيل جمعية تأسيسية جديدة لكتابة الدستور تضم المتخصصين من رجال القانون والسياسية والفقهاء الدستوريين من غير ذوي الأجندات السياسية لصياغة الدستور الذي يليق بمصر وبشعبها العظيم الذي أبهر العالم بثورته المجيدة. أوضحت داليا زيادة، المدير التنفيذي لمركز بن خلدون، موضحه موقف المركز من الاستفتاء علي الدستور، قائلة إن مشروع الدستور الذي تصر مؤسسة الرئاسة مدعومة بجماعة الإخوان المسلمين على استفتاء المصريين عليه خلال يومين هو عمل مشوه لا يليق باسم مصر ولا بتاريخها. أكدت زيادة أن الدستور قام على كتابته مجموعة من أصحاب الأجندات السياسية ودعاة إسلاميين ليس لديهم أي خبرة بصياغة الدساتير ولا حتى خبرة قانونية عادية، على حد قولها. وأشارت إلى أن الدستور يكتبه المتخصصون وليس أصحاب الأجندات السياسية، ومن ثم يصلح لأن يستفتى عليه الشعب، وبما إن ذلك لم يحدث فإن تلك المسودة باطلة والاستفتاء عليها أمر غير منطقي، فما بني على باطل فهو باطل. ولفتت إلى أن إصرار مؤسسة الرئاسة مدعومة بجماعة الإخوان المسلمين وبعض التيارات الإسلامية السياسية على تنفيذ الاستفتاء على تلك المسودة المشوهة ما هو إلا لعبة سياسية يبتغي منها الحاكم فرض هيمنته على كافة مفاصل الدولة ومنح نفسه شرعية لا يستحقها، بأن يجرنا جميعًا لتمثيلية توحي للعالم بأننا نمارس عمل ديمقراطي بينما نحن في الحقيقة بهذا الاستفتاء نساعد الإخوان المسلمين على تأسيس ديكتاتورية جديدة تحت راية الشريعة. وقالت زيادة إن أصر الرئيس وعشيرته على تنفيذ الاستفتاء، فإن مركز ابن خلدون يحذره من أنه في حالة تصويت غالبية المصريين ب "نعم" سيترتب على ذلك حتمية إجراء انتخابات رئاسية جديدة لأن الرئيس مرسي قد انتخب وفقاً لدستور 1971.