يعد الجهاز المركزى عين حارسة على أموال وأصول الدولة، على مدار أكثر من 70 عامًا، وعلى الرغم من أهمية تقاريره لمتخذى القرار بصفة عامة ومجلس الشعب بصفة خاصة، إلا أنها لا تزال غير ملزمة للجهات القضائية أو التنفيذية رغم أنها تكشف الفساد بالجهاز الإدارى للدولة. وتناوب على رئاسة الجهاز منذ إنشائه وحتى الآن 15 رئيسًا، بخلاف المستشار هشام جنينة والذى أصد الرئيس محمد مرسى قرارًا بتعيينه اليوم ليصبح الرئيس رقم 16 للجهاز. وكان أول رئيس للجهاز منذ تدشينه فى عقد الأربعينيات أمين عثمان باشا خلال الفترة من 15/02/1942 إلى 02/06/1943 ثم كامل صدقى باشا من 03/06/1943 إلى 01/03/1945 ومحمد بهى الدين بركات من 17/04/1945 إلى 20/09/1949 ثم محمود محمد محمود وزير الاقتصاد الأسبق من 01/10/1949 إلى 23/04/1950 تبعه الدكتور أحمد محمد إبراهيم باشا من 24/04/1950 إلى 02/02/1954. ثم المهندس محمد توفيق يونس من 04/02/1954 إلى 11/04/1964 وزكريا محيى الدين من 04/1964 إلى 09/1965 ثم حسين الشافعى نائب رئيس الجمهورية الأسبق من 09/1965 إلى 01/1971 والمهندس محمد صدقى سليمان من 15/11/1971 إلى 17/01/1978 ثم المهندس سمير حلمى إبراهيم من 09/02/1978 إلى 06/10/1981 وعاطف صدقى رئيس الوزراء الأسبق خلال الفترة من 20/12/1981 إلى 06/11/1986. تلاه المهندس محمد عادل أحمد حسن من 30/11/1987 إلى 10/09/1989 ثم فخرى عباس رمضان من 03/12/1989 إلى 22/01/1997 والدكتور شوقى خاطر من 23/01/1997 إلى 06/01/1999 ثم المستشار الدكتور جودت الملط من 1999 وحتى مارس من عام 2011، ثم ظل المنصب شاغرا حتى صدور قرارا الدكتور مرسى اليوم. والجهاز المركزى للمحاسبات هيئة مستقلة ذات شخصية اعتبارية عامة تتبع رئيس الجمهورية، وتهدف اساسا لتحقيق الرقابة على أموال الدولة وأموال الأشخاص العامة، كما يعاون مجلس الشعب فى القيام بمهامه فى هذه الرقابة. ويبلغ المجموع الكلى لعدد العاملين بالجهاز على اختلاف مجموعاتهم الوظيفية 1200 ألف عامل، ويتكون الهيكل التنظيمى للجهاز من فرعين، هما فرع (1) يتألف من 27 إدارة مركزية على رأس كل منها وكيل للجهاز من فئة وكيل أول وفرع (2) يتألف من 36 إدارة مراقبة حسابات على رأس كل منها مديرا من فئة وكيل أول. ويتولى الجهاز الرقابة على الأداء ومتابعة تنفيذ الخطة والرقابة القانونية على القرارات الصادرة فى شأن المخالفات المالية للوحدات التى يتألف منها الجهاز الإدارى للدولة، ووحدات الحكم المحلى، والهيئات العامة والمؤسسات العامة وهيئات القطاع العام وشركاته والمنشآت والجمعيات التعاونية التابعة أى منها فى الأنشطة المختلفة بكل مسوتياتها والشركات التى يساهم فيها شخص عام أو شركة من شركات القطاع العام أو بنك من بنوك القطاع العام بما لا يقل عن 25% من رأسمالها، وكذلك النقابات والاتحادات المهنية والعمالية، والأحزاب السياسية والمؤسسات الصحفية القومية والصحف الحزبية. كما يجوز لمجلس الشعب أن يكلف الجهاز بإعداد تقارير عن نتائج متابعته لتنفيذ الخطة وما تم تحقيقه من أهدافها وأن يطلب منه إبداء الرأى فى تقارير المتابعة التى تعدها وزارة التخطيط. ويقدم الجهاز إلى رئيس الجمهورية وإلى مجلس الشعب وإلى رئيس مجلس الوزراء تقارير سنوية عن النتائج العامة لرقابته أو أية تقارير أخرى يعدها. وشهد الجهاز أكبر "خناقة" فى تاريخة، عندما أكد المستشار جودت الملط أمام مجلس الشعب أن الحكومة – فى عهد النظام السابق- سبب الأزمات والكوارث، حينها تصاعدت الخلافات بين الملط وأحمد عز رئيس لجنة الخطة والموازنة فى مجلس الشعب فى عهد مبارك وأمين التنظيم فى الحزب الوطنى المنحل والفتى المدلل لدى نظام مبارك. وقال الملط حينها إن بعض المسئولين فشلوا في معالجة الأزمات، بل تركوا الأزمات تتفاقم رغم المؤشرات الكثيرة التى كانت تنذر بانفجارها، بل إن بعض المسئولين يسهمون في صنع الأزمات، لذا فإن الحكومة مطالبة بتطوير قدراتها علي الاكتشاف المبكر للأزمات، وأن تعمل كجهاز متضامن قادر علي الحركة السريعة.