استعد دير الأنبا بيشوي بوادي النطرون لاستقبال جثمان البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، وذلك تنفيذا لوصيته بالدفن داخل الدير الذي كان يلجأ إلية إما للتعبد والخلوة والتأمل في الملكوت، أو للتعبير عن احتجاجة لأمر يرفضه. تأسس الدير في أواخر القرن الرابع الميلادي تحت قيادة الأنبا بيشوي، كتجمع رهباني يشمل كنيسة وقلايات (سكن الرهبان)، وبئر مياه بدون أسوار، ويتكون الدير من 3 طوابق الأول منها يشمل مطحنة غلال ومعصرة زيت، ومخازن، والطابق الثاني به مدخل الحصن عن طريق كوبري متحرك وبه فرن وكنيسة القديسة العذراء مريم، والثالث وهو السطح وبه كنيسة الملاك ميخائيل ومغارتين. وكان الدير يحتل مكانة خاصة في قلب البابا شنودة، ففيه علم بنبأ توليه بطريرك الكرازة، وبين جدرانه قضي 4 سنوات كاملة خلال فترة خلافته مع الرئيس السادات، كما كان المكان الذي يلجأ إليه البابا للخلوة والعبادة والتأمل في الملكوت. ويقول الأب صرابامون، مدير العلاقات العامة بدير الأنبا بيشوي: إن البابا شنودة كان أبا بكل ما تحمل الكلمة من معاني الحنان والعطف والمحبة لأولادة، ويضيف كان يأتي للرهبنة والخلوة والتأمل لعبادة الرب، وهذا هو مصدر قوته، ويضيف عندما كان يلتقي بنا كان يسألنا دوما "كيف هي علاقتكم بالرب؟" ويؤكد أن محبة الناس لنا من محبتنا للرب، ولهذا فإن رحيله عنا أحزننا جميعا. ويكشف صرابامون أن آخر مرة قام فيها البابا بزيارة الدير كانت في أعقاب حادث كنيسة القديسين بالإسكندرية ومن يومها حالت ظروفة الصحية دون زيارة الدير. وأضاف أن البابا شنودة الثالث تعهد بتعمير دير القديس الأنبا بيشوي، فرسم له نيافة الأنبا صرابامون أسقفا ورئيسا للدير سنة 1975، وأسس مقر بابويا في الدير يقضي فية بضعة أياما أسبوعيا تقريبا، وبفضل صلواتهما وعملهما الدائم زاد عدد الرهبان كما اهتم بتعمير الدير وزيادة الإنشاءات لسكن الرهبان ومكتبة ضخمة للإطلاع. أما القمص متاري حبيب، مدير مكتب الأنبا باخوميوس مطران البحيرة والخمس مدن الغربية، أكد أن جميع مواقف البابا شنودة الثالث تؤكد أنه كان إنسانًا قويًا وطنيًا محبًا للجميع شديد الذكاء والمحبة والإطلاع، فهو الذي قال "لن أذهب إلى القدس إلا ومعي إخواني المسلمين". وأضاف أنه على الرغم من مشاغله المتعددة كبطريرك ومسؤلياته الكبيرة عن رعاياه في مصر وخارجها، كان البابا حريصا على الخلوة والتعبد والتأمل في الملكوت، ولهذا كان يأتي إلى الدير 3 مرات أسبوعيا. من جانبه، أوضح محمد مكرم، رئيس مدينة وادي النطرون، أن العمل يجري علي قدم وساق لرصف وتمهيد طريق يربط ما بين الطريق الصحراوي عند الكيلو 103 ودير الأنبا بيشوي والذي يبعد نحو 8 كيلومترات عن الطريق، وذلك بهدف تسهيل مراسيم أعمال الدفن، خاصة وأن مدخل المدينة لا يصلح للسير من خلاله بسبب أعمال الحفر الجارية في مشروع الصرف الصحي. وأضاف أنه يجري تجهيز مساحة من الأرض الفضاء المجاورة للدير، لاستيعاب سيارات المشيعين في الجنازة.