أعلن مجلس شورى العلماء عن دعمه للدكتور محمد مرسي مرشح حزب الحرية والعدالة في جولة الإعادة بانتخابات رئاسة الجمهورية. وقال المجلس في بيان له " تدارس مجلس شورى العلماء الوضع بعد ظهور النتائج النهائية للانتخابات في مرحلتها الأولى ، وبعد أن استعرض الوضع العام دعا الدكتور محمد مرسي للقاء خاص مع مجلس الشورى وبعد أن استمع أعضاء المجلس إلى رؤيته تدارس معه أطراف قضية تحكيم الشريعة والموقف من الشيعة، وغير ذلك من الأمور المستقبلية العامة". وأضاف البيان الذي نشره حزب الحرية والعدالة على صفحتها الرسمية ب"الفيسبوك" "قرر المجلس دعم وتأييد الدكتور محمد مرسي وذلك بعد أخذ العهود والمواثيق عليه بأن يجتهد في تحكيم الشريعة على نهج أهل السنة والجماعة قدر الاستطاعة ، وأن تكون أُخُوَّتُهُ لكل المؤمنين والمؤمنات بعيدًا عن الحزبية ، وأن يعمل جاهدًا على نصرة المظلومين ورفع مستوى المعيشة لجميع المصريين ، والعناية بأمر الفقراء والمساكين ، وألا يكون بعيدًا عن نبض الشارع وعامة الشعب". وحث البيان جميع المصريين على التوجه إلى صناديق الانتخابات ، وأداء الأمانة في اختيار من سيحكم بشرع الله ، وعدم التخلف عن المشاركة ، لأن في هذا سعادة الدنيا والآخرة ونهى مجلس شورى العلماء عموم الناس عن قبول الرشوة أو بيع الأصوات وخيانة الأمانة، كما أوصى المصريين عمومًا والدكتور محمد مرسي خصوصًا بتقوى الله تعالى ، والتزلف بين يديه والعمل بما يرضيه ، لأن ما عند الله لا ينال إلا بطاعته وفق الله أهل مصر لما يحب ويرضى وصلى الله على نبينا محمد وآله وصحبه وسلم والحمد لله رب العالمين.