تجددت الخلافات بين الطائفة الإنجيلية والطائفة المعمدانية بعدما قام د.القس صفوت البياضى رئيس الطائفة الإنجيلية بعمل إعلان فى إحدى الجرائد القومية يفيد بأن القس بطرس فلتاؤس ليس رئيس طائفة بل هى طائفة تتبع للطائفة الإنجيلية، الأمر الذى جعل الدكتور بطرس فلتاؤس يهدد باللجوء للقضاء ضد البياضى. أكد د.القس بطرس فلتاؤس رئيس الطائفة المعمدانية الكتابية الأولى بمصر فى تصريح خاص لليوم السابع، أن التفويض الذى أعطى للسيد ممدوح مراد من القس صفوت البياضى وعمل من خلاله توكيل للسيد محمد يسرى ساوى مطعون فيه فى محكمة القضاء الإدارية بالإسكندرية، لأن الكنيسة المذكورة لا تتبع الطائفة الإنجيلية، استنادا إلى القرار الجمهورى رقم 99 لسنة 90 وكل الأوراق المصدق عليها لا يعتد بها، لأن التصديق على التوقيع والختم ليس على المضمون، كما أكده اللواء مدير الشئون الإدارية. وأضاف أن الطائفة المعمدانية الكتابية الأولى طائفة مستقلة ولا تتبع الطائفة الإنجيلية، استنادا إلى القرار الجمهورى رقم99 لسنة 90. وأشار فلتاؤس أن ما قدمه القس صفوت البياضى بطلب لتعديل القرار الجمهورى تم رفض طلبه بناء على تقارير الأمن العام وأمن الدولة، الذين أكدوا أن هذه الكنيسة لا تتبع الطائفة الإنجيلية ولا تندرج تحت رئاستها، وتم إبلاغه بذلك وأن فلتاؤس هو رئيس الطائفة بعد فوزه بالانتخابات فى 28 أبريل عام 2006 لمدة أربع سنوات وأوضح أن القضية رقم 3509 والتى حكم فيها بعدم القبول ليست حجية، لأن الشكل لم يكتمل، فقد أكد القس جون يعقوب سكرتير الطائفة الإنجيلية فى المحاضر الرسمية أننا غير تابعين للطائفة الإنجيلية.