اعتبر بطرس فلتاؤس، الذى يقول إنه رئيس الطائفة المعمدانية الكتابية الأولى، أن إنكار الطائفة الإنجيلية «الأوسع انتشارا بين الأقباط البروتستانت والممثلة رسميا لهم» لشرعية الكنيسة المعمدانية الكتابية كطائفة مستقلة هو تطاول على القانون والدولة، التى لها الحق وحدها فى منح الشرعية والاعتراف بالطوائف فى مصر. وأضاف بطرس فى رد على خبر نشر فى «الشروق» إن الكنيسة المعمدانية معترف بها بموجب القرار الجمهورى رقم 99 لسنة 1990، والذى تضمن تصريحا للطائفة بإنشاء كنيستها بالإبراهيمية بالإسكندرية. وقال «لقاؤنا بالبابا شنودة الثالث قبل أيام جاء فى إطار من الحب والمودة، كما أكدت الكاتدرائية، وليس سعيا للحصول على أى نوع من الشرعية، فالطوائف لا تمنح الشرعية لبعضها بل الدولة». وشدد بطرس فلتاؤس على وجود 14 كنيسة مشيخية تابعة للكنيسة الإنجيلية وهى الممثلة بشكل غير عادل، بحسب تعبيره، فى سنودس النيل الإنجيلى، وأضاف «هناك 16 كنيسة بروتستانتية أخرى ليست عضوة فى السنودس لاختلافات عقيدية وإدارية «وهم جميعا خاضعون لرئاسة الطائفة الإنجيلية»، أما المعمدانيون الكتابيون، فليسوا من البروتستانت أصلا، بل هى كنيسة خاصة منفصلة وسابقه على الإصلاح البروتستانتى». وأضاف «المعمدانيون الكتابيون لهم كنائس منتشرة فى مصر وكلية لاهوت وقانون كنسى داخلى، وعدة مجامع جغرافية، ونحن كيان مستقل ومنفصل عن أى طائفة (من الطوائف المسيحية الثلاث) ونتعاون مع الجميع على أساس الاحترام المتبادل». يذكر أن عدة دعاوى قضائية متبادلة مازالت منظورة أمام القضاء للفصل فى صحة ما يقوله بطرس فلتاؤس من أن الكنيسة المعمدانية الكتابية الأولى هى طائفة مسيحية جديدة تضاف للكاثوليك والبروتستانت والأرثذوكس، بينما يصر القس الدكتور صفوت البياض الرئيس الرسمى للطائفة الإنجيلية فى مصر، أن بطرس فلتاؤس لم يرسم قسا بشكل رسمى فى مصر وأنه لا توجد طائفة مستقلة جديدة بهذا الاسم، بل مجرد كنيسة تابعة للطائفة الإنجيلية، كما أن الطوائف الجديدة يتم اعتمادها فى مصر بصدور ما يعرف ب«قانون بطائفة جديدة»، ولا يتم اعتماد الطوائف بقرارات جمهورية للتصريح ببناء كنيسة.