حدث خلاف فى الرأى بين أعضاء النقابة المستقلة للدعاة، حول فكرة دمج نقابتى الدعاة المستقلة والمهنية فى نقابة واحدة، حيث رفض البعض ذلك، مؤكدا أن النقابة المهنية يسيطر عليها الإخوان، مؤكدين أن المستقلة هى الأصل، وأن منصب نقيبها أقوى من وزير الأوقاف. وعلى جانب آخر، طالب البعض بالتعاون مع النقابة المهنية لقوتها وعلاقتها الوثيقة مع الوزارة وقدرتها على تحقيق مطالب الأئمة، فيما أكد الشيخ زكريا السوهاجى، أمين عام النقابة المستقلة للدعاة، أنه يسعى هو وزملاؤه لدمج النقابتين لتوحيد جهود الأئمة حول مصالحهم.