نفى الدكتور محمد إبراهيم، وزير الدولة لشئون الآثار، إعادة أية مبالغ مالية إلى الخزانة العامة للدولة، حيث إن الوزارة تعتمد على التمويل الذاتى فى مشروعاتها وأنها لم تتلق أية مبالغ من ميزانية الدولة حتى تطالب برد الفائض منها. جاء ذلك فى بيان صحفى صادر عن الوزارة رداً على ما نشر فى بعض وسائل الإعلام من قيام الوزارة برد مبلغ 75 مليون جنيه إلى خزانة الدولة، مشيراً إلى أنه يلتزم ببنود اتفاقية تمويل إنشاء مشروع المتحف القومى للحضارة المصرية بين صندوق إنقاذ آثار النوبة وقطاع التمويل المعتمدة من وزير الثقافة، ورئيس المجلس الأعلى للآثار الأسبق. وأضاف أن مسألة تعذر صرف النسبة المقررة على قطاع التمويل فى المشروع كانت نظراً لتوقف النشاط السياحى والذى ترتب عليه قلة الموارد المالية لقطاع التمويل وهى ديون مستحقة على قطاع التمويل يقوم بسدادها فور توافر الموارد المالية، حيث إن الاتفاقية ملزمة للصندوق وقطاع التمويل، وأن عدم تسديد النسب المقررة على قطاع التمويل يخالف القوانين المالية المنظمة. كما أكد إبراهيم، أنه ليس للوزارة دخل فى تأخر صرف المستحقات المالية لشركات المقاولات، حيث إن ذلك بسبب الظروف القهرية التى تعرض لها المشروع والتى قام بحلها وشكل لجانا فنية ومالية لحل جميع معوقات المشروع. وأضاف أنه قد خصص مكتباً بالمشروع لحل جميع المعوقات، كما قام بتشكيل لجان لدفع سير العمل بالاختيارات الأثرية والعرض المتحفى وإنشاء مراكز الترميم والبحوث والطباعة والنشر والانتهاء من المخازن والاستفادة من إمكانات المشروع المختلفة على أكمل وجه، وتقوم الوزارة حالياً بدراسة لإيجاد حلول لتمويل المرحلة الثالثة من المشروع، نظراً للظروف التى تمر بها البلاد حالياً وتوقف النشاط السياحى الذى أدى إلى تأخر طرح المرحلة الثالثة من المشروع.