مليار جنية هى إجمالى أموال الكنيسة التى لا يعرف عنها الكثير شيئاً، وبالأخص الأقباط، تلك الأموال التى تأتى من تبرعات الأقباط "العشور"، أى زكاة المال عن إرباحهم، تودعها الكنيسة فى بنوك مصرية، من أشهرها: البنك الأهلى المصرى وبنك مصر وبنك القاهرة. كرم حنا المحامى القبطى، قال لليوم السابع، إن الكنيسة لا يوجد بها أى جهاز رقابى، حيث إن جهاز المراقبة على الكنيسة هو الثقة فى رجال الدين، فأموال الكنيسة يتم إدارتها عبر البابا، والأساقفة والقساوسة، مشيراً إلى أن البابا له حساب خاص باسم الكنيسة الأرثوذكسية المصرية، وكل أسقف يوجد له حساب فى المطرانية التابعة له. وأكد حنا أن الكنيسة ترفض مراقبة الجهاز المركزى للمحاسبات، لأن الكنيسة تجمع أموالها من تبرعات الأقباط. من جانبه قال القمص صليب متى ساويرس عضو المجلس الملى وكاهن كنيسة مارجرجس، إن أموال الكنيسة يتم إدارتها عن طريق مجلس أعضاء مجلس إدارة لكل كنيسة، ويكون أمين الخزينة مسئولاً عن أى حسابات تدخل أو تخرج من الكنيسة. وأشار القمص إلى أن الكنيسة تتعامل مع هذه الأموال بكل دقة، رافضاً أن يتم إدارة أموال الكنيسة عن طريق أية جهات خارجية مثل أجهزة الدولة. على صعيد متصل قال هانى فوزى النشاط القبطى، إنه يرفض أن تتم إدارة أموال الكنيسة بهذا الشكل، متسائلا: لماذا ترفض الكنيسة الإفصاح عن كيف تدير الكنيسة أموالها؟ وأشار هانى: هذا الملف شائك جدا، فالكنيسة تعتبرها من الأسرار. وأوضح هانى أنه طالب عدة مرات بأن يتواجد جهاز لمراقبة أموالها مثل: الجهاز المركزى للمحاسبات، ولكن الكنيسة رفضت، بدعوى أنها أموال تجمع عن طريق التبرعات، فالكنيسة لم تأخذ شيئا من الدولة، فلماذا تطلب مراقبته؟".