مع إغلاق أبواب لجان الاقتراع بدأت المشاكل تواجه رجال القضاء، سواء فى عمليات الفرز أو فى عمليات نقل الصناديق، إذ كشف المستشار محمد صلاح المشرف على الانتخابات فى لجنتى 643، 644، بمحافظة الشرقية، عن وجود فوضى عارمة على حد وصفه فى عملية نقل الصناديق. وقال المستشار محمد صلاح، فى تصريحات خاصة ل"اليوم السابع"، أنهم قضوا قرابة الساعتين، لا يعرفون إلى أين يتوجه بالصناديق، لأنهم لا يعرفون أين سيتم فرز الصناديق، مؤكداً أن هناك حالة من التخبط. ومن جانبه، أعلن المستشار أحمد الزند رئيس نادى القضاة، أن غرفة عمليات النادى تلقت حوالى 50 بلاغاً، فى فترة لا تتعدى الساعة ونصف الساعة، عقب إغلاق باب التصويت مساء الخميس، وهناك المزيد من البلاغات جارٍ فحصها. وأوضح الزند، أن البلاغات، تنوعت ما بين احتجاز قضاة واقتحام اللجان ومنع وصول الصناديق الى أماكن الفرز، مشيراً إلى أن هناك شعور عام لدى القضاة، بأن الجهات المسئولة عن تأمينهم تخاذلت فى أداء دورها، وهو الأمر الذى قد ينعكس بالسلب على المرحلة المقبلة. ومن ناحية أخرى، هدد قضاة بالانسحاب من العملية الانتخابية باللجنة العامة بالباجور بمحافظة المنوفية، وعدم استكمال الانتخابات عقب انتظارهم لمدة أكثر من ساعتين فى طابور بالصناديق أمام اللجنة العامة وعدم السماح لهم بالدخول بالصناديق. كانت القوات المسلحة قد طلبت من جميع القضاة التأكد من شخصيتهم أثناء دخولهم اللجنة العامة والمشرفين على 967 صندوقاً بواقع 369 صندوقاً بالنسبة للجان الفردية و598 صندوقاً بالنسبة للقوائم إلى الاستاد الرياضى بمدينه الباجور. من جانبه، انتقل المستشار أشرف هلال محافظ المنوفية واللواء حمدى عثمان قائد قوات التأمين بالمنوفية والمقدم محمود الشرابى المستشار العسكرى بالمحافظة إلى اللجنة العامة بالباجور لتهدئة القضاة وتسيير عملية الانتخابات. فيما توافدت أعداد كبيرة من قوات الشرطة العسكرية والأمن المركزى مساء اليوم، الخميس، إلى مقر لجنة الفرز بإستاد الباجور بالمنوفية، عقب حدوث مشادات بين القضاة القائمين على عملية فرز الأصوات، وبين القضاة، مما أدى إلى تهديد بعض القضاة بتقديم استقالاتهم، فى حالة عدم حصولهم على حقوقهم، بسبب سوء معاملة القضاة من قبل قوات الجيش. فى الوقت ذاته، يتواجد حالياً المستشار أشرف هلال، محافظ المنوفية، بمقر لجنة الفرز لتهدئة الأوضاع بين القضاة وقوات الجيش، وطالب المحافظ رئيس مجلس مدينة الباجور والقائمين على تنظيم عملية الفرز بضرورة توفير أماكن إضافية للقضاة لإجراء الفرز بشكل منظم. ومن ناحية أخرى، انتظم العمل داخل لجنة الفرز بالشرقية والخاصة بالدائرة الأولى ومقرها الزقازيق، بعدما توقف لأكثر من نصف ساعة بسبب امتناع القضاة المسئولون عن أعمال فرز الأصوات، احتجاجاً على سوء معاملة أفراد الأمن المسئولة عن تأمين لجنة الفرز لتعسفهم معهم وإصرارهم على ضرورة إبراز كل قاضٍ بتحديد هويته الشخصية، الأمر الذى أثار حفيظة القضاة. ودعا القضاة بعضهم البعض إلى عدم استكمال عملية الفرز، إلا أن القيادات الأمنية تدخلت وقاموا بالاعتذار للقضاة على سوء ما حدث، والذين قرروا عودة العمل داخل لجان الفرز، مع تقديم مذكرة تفصيلية بما حدث، فيما تجمع القضاة المشرفين على العملية الانتخابية بالدائرة الثانية بالشرقية ومقرها مركز شرطة بلبيس أمام لجنة بمدرسة التحرير الابتدائية بمدينة منيا القمح ولجنة جمال عبد الناصر وعبروا عن استيائهم ودارت بينهم وبين رجال القوات المسلحة مشادات كلامية بسبب رغبة رجال القوات المسلحة أن يستقل القضاة سيارات مرافقة للسيارات التى تنقل الصناديق. وعبر القضاة عن استيائهم من العملية التنظيمية من قبل اللجنة العليا وطالبوا بأخذ قسط من الراحة حتى يستطيعوا الفرز بنجاح، ومن جانبه هدد أمناء اللجان بتلك المدارس بعدم الذهاب لمقر الفرز والمخصص بالساحة الشعبية بمدينة ببليس ولعدم توفير الحماية الأمنية بطر يق بلبيس منيا القمح.
