برزت في المرحلة الثانية للانتخابات البرلمانية مخالفة جديدة، تمثلت في انتهاكات واعتداءات قام بها ضباط الجيش طالت القضاة ومشرفي الفرز من الموظفين ومندوبي المرشحين والناخبين، ووصلت إلى مرحلة إغلاق اللجان أمام الناخبين. في هذا السياق، أكّد المستشار محمود حلمي الشريف، المتحدث الرسمي باسم نادي قضاة مصر، تعرض القضاة لاعتداءات شديدة في اللجان العامة ومقار الفرز، وأضاف أن «أحد الجنود ضرب قاضية أمام إحدى اللجان العامة في الجيزة، فأفقدها الوعي، في حين تعرض عشرات القضاة إلى الضرب والسب والإهانة، ما أفقدهم القدرة على الفرز». وشهدت لجان الفرز لدوائر العمرانية والطالبية وبولاق الدكرور ومقرها شركة المطاحن بمنطقة فيصل، مشاجرات ومشادات كلامية بين قوات الجيش التى تتولى عملية تأمين الفرز ووكلاء المرشحين وبين نفس الضباط والقضاة وموظفي الفرز. وبدأت أولى الأزمات عندما منعت قوات الجيش مندوبي المرشحين من الدخول للجنة الفرز باستثناء مندوب واحد فقط عن كل قائمة حزبية أو مرشح فردي، وهو الأمر الذى قوبل بالرفض من المندوبين الذين تدافعوا بقوة للدخول إلى البوابة، مما اضطر قوات الأمن لاستخدام العنف لمنعهم من الدخول. كما نشبت مشاجرة بين أحد الضباط ومستشار باللجنة بسبب تأخر الضابط فى فتح البوابة، وقال المستشار:« أنا قاض ومن حقى أدخل إلى اللجنة مباشرة دون انتظار»، فرد عليه الضابط: «محدش يعلي صوته علينا»، فيما تدخل أحد قضاة اللجنة العليا لإنهاء الخلاف. من ناحية أخرى غادر عدد من الموظفين لجان الفرز بعد رفض أحد ضباط الجيش السماح لهم بالدخول إلى مقر عملهم في لجنة الفرز، وطلب منهم الحصول على إذن مسبق من القاضى المشرف، فغادروا اللجنة وقالوا للضابط: «ابقى إفرز الأصوات إنت». في السياق نفسه، قال مصدر قضائي مسؤول داخل نادي القضاة إن هناك نحو 20 قاضيا يرفض أحد أفراد القوات المسلحة، برتبة ملازم أول، دخولهم إلى اللجنة العامة في منيا القمح بمحافظة الشرقية، بدعوى «عدم وجود تعليمات». قال المستشار أحمد الزند، رئيس نادي القضاة، إن ملازم أول بالقوات المسلحة بقوات تأمين اللجنة العامة للانتخابات، يدعى أحمد ثابت، منع 10 قضاة من الدخول إلى مقر اللجنة لمباشرة عملية الفرز، خلف فندق مينا هاوس بالهرم في محافظة الجيزة. وقال الزند: في تصريحات صحفية: «رفض الضابط إدخال القضاة لمباشرة عملية الفرز دون سبب وأجبرهم على وضع الصناديق فى الشارع أمام اللجنة، وقال لهم بالنص: «اللي يقدر يعمل حاجة يعملها»، مشيرا إلى أنه يتواصل الآن مع قيادات الضابط للتعامل مع الموقف قبل أن يتأزم، على حد تعبيره. واتهم أنصار حزبي النور السلفي، والحرية والعدالة، الذراع السياسية لجماعة الإخوان المسلمين، قوات الجيش ب«مجاملة»، الكتلة المصرية، بعد أن منعهم الجنود من استخدام أجهزة الكمبيوتر المحمولة «لاب توب»، في توجيه الناخبين، بعد شكاوى مندوبي «الكتلة». وتابع: «قوات الجيش أظهرت عداءً واضحاً في اليوم الثاني للانتخابات ضد حزب النور، وقام ضابط آخر من الجيش بسحب أجهزة الكمبيوتر من مندوبينا الموجودين خارج اللجان، رغم أنهم لا يستخدمونها للدعاية، كما ادعى الضابط». وقال هشام حسنى، مندوب حزب الحرية والعدالة: «قوات الجيش منعتهم من دخول اللجان وسمحت لمندوبي الكتلة فقط بالتواجد بداخل اللجان»، متهمًا مندوبي الكتلة المصرية ب«الادعاء كذبًا» ضد مندوبي حزبه. وفي سياق الاعتداءات على المرشحين، اتهم ياسر الرفاعي، المرشح على رأس قائمة الثورة مستمرة في الدائرة الأولى بمحافظة الشرقية ومقرها الزقازيق، عدداً من جنود القوات المسلحة المكلفين بتأمين العملية الانتخابية في لجنة مدرسة عبد الله فكري التجارية بمدينة الزقازيق، بالاعتداء عليه وضربه ضرباً مبرحاً أدى لدخوله في غيبوبة، نقل على إثرها إلى مستشفى الزقازيق الجامعي، حتى أفاق صباح الأربعاء، لكنه ظل في العناية المركزة حسب نصائح الأطباء لمتابعة حالته. وفي محافظة الجيزة، أغلقت قوات الجيش مدرسة خديجة بنت خويلد بمنطقة أرض الحداد بإمبابة في السادسة مساء الأربعاء، في ظل تواجد آلاف الناخبين أمام المدرسة، وعندما توجه الناخبون لضابط الجيش لمعرفة سبب إغلاق المدرسة قبل ميعادها المحدد، قال الضابط: «تعالوا الصبح علشان الأعداد الموجودة داخل لجان المدرسة تحتاج وقتا أطول من فترة التصويت». وقال المستشار عصام الدين فريد، رئيس لجنة الفرز العامة، إن «القضاة الذين لا يتوافر لهم أماكن للفرز عليهم أن يسلموا الصناديق للشرطة العسكرية»، وهو ما رفضه اللواء حمدي بدين، قائد الشرطة العسكرية، المسؤول عن تأمين جنوبالجيزة، قائلا: ««مش حاستلم صناديق من قضاة يصفوننا بسوء التنظيم، ولن أقبل أن تكون هذه الدائرة الساحل الجديدة»، في إشارة إلى ما حدث في دائرة «الساحل» من مخالفات. وفي ذات السياق، قدّر المستشار أحمد الزند، رئيس نادي القضاة، ما حدث من تجاوزات أثناء نقل الصناديق في المرحلة الثانية ب«عشرة أضعاف ما حدث في المرحلة الأولى»، مؤكدًا أن التجاوزات هذه المرة جاءت «مقترنة بقلة أدب على القضاة واعتداء واستعلاء عليهم، كأنهم مستوردون من الخارج». وقال «الزند» مساء الخميس، إن الاعتداءات، بحسب ما نقله القضاة لغرفة العمليات، «صدرت من مواطنين ومرشحين وجنود وبلطجية»، مؤكدًا صعوبة تحديد المعتدين وسط حالة الهرج والمرج الكبيرة التي شهدتها عملية نقل الصناديق، على حد تعبيره.
