ترك د.زكى بدر برحيله عن جامعة عين شمس إلى وزارة التربية والتعليم، قنابل موقوتة وحملا ثقيلا على خلفه الذى سيتولى من بعده رئاسة الجامعة، خاصة أنها ترتبط ارتباطا مباشرا بأطراف العملية التعليمية "الأستاذ والطالب"، مما يجعلها ملفات مفتوحة جاهزة للانفجار فى أى وقت. ويأتى على رأس المشاكل التى تركها بدر وراءه فى عين شمس، فئة "البلطجية" الذين يعتدون على الطلاب، وهى الفئة التى ظهرت فى 2006 تزامنا مع رئاسته للجامعة، ووقتها تعالت الأصوات تطالب بحق الطلاب فى ممارسة حياتهم الجامعية دون تهديدات، وهو المطلب الذى قوبل بعدم الاهتمام وتجاهل حق الطالب. ولم يهدد "البلطجية" الطلاب فقط، وإنما امتدت أيديهم فى بعض الأحيان إلى معيدين، كما تحولت الجامعة إلى ثكنة عسكرية على الصحفيين، واعتدوا على صحفية فى 2007، وعلى أكثر من صحفى فى الأعوام الماضية، حتى أن المتحدث الإعلامى لطلاب الإخوان بالجامعة قال تعليقا على رحيل بدر "مبدئيا مبروك"، فهم أكثر الفئات المتضررة من البلطجية. الأزمة الثانية التى تركها بدر وراءه ، هى المعيدون والمدرسون المساعدون بجامعة عين شمس، حيث أقام الدكتور أحمد زكى بدر الدنيا بقراره تحويل 400 معيد ومدرس مساعد، إلى وظائف إدارية، وهو القرار الذى اختلف حوله الجميع بين مؤيد ومعارض، ولم يلق "بدر" بالا لتأثير هذا القرار على العملية التعليمية، حيث تسبب فى توقف امتحانات الميد تيرم، كما تسبب فى ضياع ملايين بلا طائل تم صرفها على منح وبعثات خارجية لهم، وفجأة حولهم إلى إداريين. وفى الوقت الذى نظم فيه المعيدون والمدرسون المساعدون أكثر من وقفة احتجاجية، واستغاثوا برئيس الجمهورية، إلا أن القرار قوبل برضا تام فى الوزارة، حسب ما أكدت مصادر، ولم يلتفت أحد إلى "صراخ وعويل"، 400 معيد ومدرس مساعد، حتى مد لهم زكى بدر شهرا فقط، طالبهم فيه بالانتهاء من رسائلهم، وهو المستحيل تحقيقه فى شهر واحد. الحركات الطلابية ومشاكل الطلاب هى الأخرى إحدى المشاكل التى ستقابل رئيس جامعة عين شمس الجديد، حيث تم التضييق على كل الحركات الطلابية بدءا من الإخوان المسلمين وحركة حقى ولجنة الدفاع عن حقوق الطالب وحركة 6 إبريل، ومنعهم من دخول انتخابات اتحاد الطلاب ومن تكوين أسر طلابية. ليتبقى فى القائمة أزمات أساتذة الجامعة وهى الطائفة أصحاب الثورة المكتومة الذين يتضررون بشدة من قرارات كثيرة، ولكن لا يتحدثون، وما حدث مع الدكتور أحمد راشد رئيس قسم أمراض النسا والتوليد، والذى صدر قرار بعزله من منصبه فى منتصف العام الدراسى بالمخالفة للقانون، كشف لنا عن أن "زكى بدر"، يعين رؤساء الأقسام على درجة قائم بالأعمال، ليدينوا له بالولاء، وهم فى نفس الوقت يتجاهلون الحصول على حقهم الكامل، طمعا فى مناصب أعلى، ومكانة أكبر، ولا يصرخون إلا عندما تقع الواقعة.
