فى ظل مباحثات الحكومة المصرية، لمشكلة حل جماعة الإخوان المسلمين، واعتبارها جماعة محظورة، وفى ظل مطالبات بعض الأحزاب والقوى السياسية بضرورة إدراج جماعة الإخوان ضمن قائمة الجماعات الإرهابية العالمية، اختلف عدد من المؤرخين، حول هذه القضية، فينما تضامن البعض مع هذه النداءات، رفضها آخرون. الدكتور جمال شقرة أستاذ التاريخ الحديث بجامعة عين شمس، قال إن الحديث حل جماعة الإخوان وحظرها تأخر كثيراً، لأن الشعب كشف الجماعة، وهو من وصفها بأنها جماعات إرهابية، بعد أن أطاح إعصار تسونامى فى 30 يونيو بهم، وبالتالى فإذا كان شعب مصر أصدر قراره بهذا الشكل، فهذا نتيجة شهوره بأن مصر تتعرض لخطر الإرهاب. وأضاف شقرة، أن عملية حل الجماعة باتت أمراً مطلوباً وضرورياً، باسم الشعب، وليس باسم السلطة، لأن تأخير فض اعتصامى رابعة العدوية، والنهضة، كشف عن تسليح الجماعة بأنواع مختلفة من الأسلحة، وبعد ما فعلوه من عنف وترويع للمواطنين، أصبح واضحاً للعيان أنها جماعة إرهابية حتى النخاع، ولسنا فى حاجة للبحث عن أدلة تثبت ذلك، لأن الأدلة باتت واضحة. وأكد شقرة، أن جماعة الإخوان ولدت وهى تعتبر العنف أحد الوسائل لنشر أفكارها ومبادئها، وهذا يتضح فى مقالات حسن البنا، والعديد من حالات العنف، التى ارتكبوها على مدار تاريخهم، وكذلك محاولات الاغتيالات كاغتيال النقراشى باشا، ومحاولة اغتيال الرئيس الراحل جمال عبد الناصر، وغيرها. هذا واختلفت الدكتور زبيدة عطا الله أستاذة تاريخ العصور الوسطى بجامعة عين شمس مع الأصوات المطالبة بإدراج جماعة الإخوان لقائمة المنظمات الإرهابية، وقالت إن هذا أمراً قد يزيد من عنف الإخوان، وقد يكون ترخيصاً لمزاولة الإرهاب بلا خوف. وأكدت زبيدة أنها مؤيدة فقط للأصوات المطالبة بحل الجماعة، ومنعها من مزاولة النشاط السياسى، والقبض على العناصر المفسدة بداخلهم، وضرورة تفكيكهم. أما الدكتور محمد عفيفى أستاذ التاريخ الحديث، ورئيس قسم التاريخ بجامعة القاهرة، اختلف مع الأراء السابقة، وقال أن حل الجماعة وإدراجها ضمن الجماعات الإرهابية أمر شائك وحساس، وعلينا أن نفكر بطريقة مستقبلية، مع الاستفادة من تجارب التاريخ. وأضاف عفيفى أن فكرة حل الجماعة، وحظرها، أو إدراجها ضمن قائمة المنظمات الإرهابية، هو أمر غير مُجدى، ولا ينفع مع جماعة الإخوان، وبالنظر إلى تجربة حظر الجماعة سنة 1949م، بعد إغتيال النقراشى، وقرار حظرها مرة أخرى فى عهد الرئيس الراحل جمال عبد الناصر سنة 1954م، لوجدنا أنها كانت فى كل مرة تعود للعمل ثانية، حتى فى أيام مبارك، عندما أصدر قرار بحظرها كانوا أيضاً يمارسون العمل السياسى. وتسائل عفيفى "هل حظر جماعة الإخوان هتقضى عليهم؟ أم إنها ستوقظ بداخلهم روح الضحية؟"، وقال عفيفى أن الإخوان على مدار تاريخهم يستفيدوا جيداً من فكرة كونهم الضحية والمجنى عليهم، مؤكداً أن أكبر حظر تم لجماعة الإخوان، وأصابهم فى مقتل هو توليهم الحكم لمدة سنة، لأن ذلك أظهرهم على حقيقتهم، وأوضح عجزهم عن تقديم الجيد للبلاد. وأشار عفيفى إلى أن الاستفادة من تجارب الماضى تحتم علينا ألا نحظر جماعة الإخوان، بل نترك لهم الإختيار والفرصة فى انشاء جمعية أهلية تكون خاضعة للقانون، وتحت إشراف وزارة التضامن الإجتماعى، وخاضعة لجهاز المحاسبات، فيكون نشاطها وحجم إنفاقها معروف، شأنها شأن باقى الجمعيات الأهلية، مع العلم أنه فى هذه الحالة لن يكون لها الحق فى الإنفاق، أو تقديم مساندة مالية لأى أحزاب سياسية.