أدى سقوط حكم الإخوان إلى فتح الباب على مصراعيه بين القيادات المنتمية لجماعة الإخوان المسلمين وحزبها السياسي -الحرية والعدالة - والتى تم الدفع بها خلال فترة الرئيس المعزول محمد مرسي، والقيادات الموجودة منذ أيام العهد المباركى كان دورها مهمشا، وأخرى تم عزلها بقرار من رئيس الوزراء السابق هشام قنديل، أبرزهم الدكتور محسن البطران رئيس بنك التنمية والائتمان الزراعي، والدكتور محمد توفيق، مستشار وزير الزراعة السابق الدكتور صلاح عبد المؤمن الذي تم إقالته بسبب اعتراضه على إسقاط الرئيس المعزول محمد مرسي ديون الفلاحين دون تسديد وزارة المالية هذه المبالغ لصالح وزارة الزراعة، لاسيما وأن هذه الأموال ليست ملكا للحكومة وإنما ملك المودعين بما يوجب عدم التفريط فيها لأنها مسئولية كبيرة، خاصة وأن كثرة إسقاط الديون سيؤدي إلى إفلاس البنك، ليتم تعيين المهندس علاء سماحة المنتمي إلى حزب الحرية والعدالة بهدف تسهيل صفقات الإخوان وتمويلها من بنك التنمية والائتمان الزراعي. ومن المتوقع أن يتم الإبقاء على الدكتور على إسماعيل - رئيس هيئة التعمير - بعد أن خاض هو ووزير الزرعة السابق صلاح عبد المؤمن حربا ضد أخونة الوزارة، رغم اتهام نقابة الفلاحين له بازدرائهم، وكذلك الأمر بالنسبة للواء أسامة سليم رئيس قطاع الخدمات البيطرية، بعد أن كان قاب قوسين أو أدنى من الإقالة قبل ساعات قليلة من ثورة 30 يونيو، إلا أن أحداث الثورة أرجأت القرار بسبب طمع الإخوان في السيطرة على توزيع اللحوم في مصر. وعلمت «فيتو» من مصادر مطلعة داخل وزارة الزراعة، أن كلا من الدكتور على إسماعيل واللواء أسامة سليم رئيس قطاع والدكتور محمد توفيق والدكتور محسن البطران شكلوا جبهة واحدة وعقدوا اجتماعات للانتقام من قيادات الإخوان داخل الوزارة بعد أن وجه خيرت الشاطر - نائب مرشد الجماعة - الحكومة السابقة للاهتمام بوزارة الزراعة عبر وزير إخواني على رأس القطاع الزراعي،لاسيما وأن هناك 28 مليون فلاح كانت تنوى جماعة الإخوان الاستفادة منهم في الانتخابات البرلمانية المقبلة وكذلك الرئاسية إلا أن القدر أتى بالثورة لتقضي على كل مخططات الجماعة التي كانت تسعى للاستحواذ على كافة المناصب القيادية. وكان الشاطر - مهندس صفقات الإخوان المسلمين - قد أمر الدكتور الجيزاوي بتكليفات محددة وقرارات تم اتخاذها مؤخرا، أهمها تعيين 13 مستشارا للزراعة ينتمون إلى الجماعة بالإضافة إلى إدارة مكتب الوزير، التى ارتفعت الأصوات التى تطالب بالإطاحة بهم، كما أن موظفى الزراعة المؤقتين استغلوا سقوط حكومة الإخوان ورفعوا راية التمرد والعصيان لتثبيتهم، وكذلك عمال التشجير بالوزارة الذين لم يحصلوا على مرتباتهم منذ سنوات، واعتصموا بمقر الوزارة، وهو ملف شاق ينتظر الوزير القادم للزراعة إلى جانب ملف الأسمدة والمبيدات.