قال ولاء الدين بدوي، مدير عام متحف قصر محمد على بالمنيل، إنه رغم صغر مسجد القصر إلا أنه يعد تحفة معمارية وزخرفية لا مثيل لها حيث اعتنى الأمير "محمد على " بزخرفته سواء من الخارج أو الداخل فمن الخارج زين سطح المسجد بعرائس من الحجر الرملى على شكل رءوس ثعبان "الكوبرا" أسفلها شريط من الكتابة القرآنية لسورة الفتح تبدأ على يمين مدخل المسجد. أما الجدران زخرفت على هيئة سجاجيد من طرز مختلفة والنوافذ على شكل عقود محاطة بأشرطة من الزخارف الهندسية وساحة كل نافذة مصممة بالرخام المزخرف بالتفريغ على شكل أطباق نجمية مملوكية الطراز صنعت في إيطاليا وتبرز من الجدار الشرقى كتلة المحراب على شكل عقد أسفله مربع من بلاطات القيشانى. وأكد بدوى، ل "فيتو" أن للمسجد كتلة مدخل مستطيلة الشكل وتعلو سطحه، كما أنها تبرز عن المبنى، وهي زاخرة بأنواع كثيرة من الزخارف، أبرزها وجود نصف قبة، يبدو قطاعها الطولى كعقد، وهى مزينة بتضليعات طولية تنتهى عند حافة القبة بزخارف هندسية ومحمولة على مقرنصات من نفس الحجر ويعلو القبة شريط به كتابة قرآنية بالخط الكوفي المورق للآية " إِنَّ الَّذِينَ قَالُوا رَبُّنَا اللَّهُ ثُمَّ اسْتَقَامُوا فَلَا خَوْفٌ عَلَيْهِمْ وَلَا هُمْ يَحْزَنُونَ" بجانب العديد من الأشرطة الزخرفية النباتية والهندسية أما يمين ويسار المدخل فتوجد لوحتان من الرخام الأبيض بإطار من الرخام الأسود عليهما كتابات بالرخام البارز باللون الأسود، اللوحة الميني عبارة عن النص التأسيسى للمسجد الثرى واليسرى كتب عليها أسماء جميع الذين شاركوا في أعمال الخطوط والنجارة والسجاد والرخام والحجارة والبناء. وتابع: يعلو الباب البسملة الشريفة وسورة الخلاص بخط كوفي تتخلله رسوم وأزهار، وباب المسجد من الخشب المصفح بالنحاس المؤكس المشغول بالتفريغ فالأطر الخارجية محلاة بأنصاف كرات داخل أشكال نجمية وزخارف نباتية، أما ساحة الباب فهي مزخرفة بدائرة كبيرة تبرز منها أشكال هندسية ذات تضليعات واضحة على أرضية من الزخارف النباتية، ويخرج من الدائرة الكبيرة دائرة أصغر من أعلى وشكل كمثرى من أسفل. وأوضح بدوي أن المسجد يتكون من أيوانين شرقى –أيوان القبلة – وغربى يفصلهما عمودان رشيقان من المرمر، وتغطى جدران المسجد بلاطات قاشانى ذات زخارف نباتية باللونين الأزرق والكحلي على أرضية بيضاء، كما توجد مستطيلات على شكل لوحات من بلاطات القيشانى باللون الكحلي عليها بعض أسماء الله الحسنى تقرأ من اليمين إلى اليسار والعكس. وتعلو الجدار الشمالى لوحة خشبية عليها جزء من الآذان وباقى الآذان على لوحة أخرى أعلى الجدار الغربي. الأيوان الشرقى أكثر ثراء من حيث الزخارف، فسقفه تحفة فريدة غير مكررة في أماكن أخرى، فهو عبارة عن فتحات مغطاة بزجاج اصغر مصنع على شكل قباب تسمح بمرو الضوء الطبيعى، محمولة على مقرنصات، وعلى كل قبة مع زخارفها تشبه أشعة الشمس وتفصل القباب وحدات بداخلها زخرفة " الأرابيسك " وللمسجد محراب، غير مسامت للقبلة، بل يتجه نحو الشرق تماما، وقد اقتبس الأمير الطراز والزخارف وأسلوب الأشرطة الكتابية من محراب المسجد المقام داخل مشهد الجيوش، غير أن الأمير قد أطلق لنفسه بعض التصرف حيث جعل جميع الزخارف منفذة بالتذهيب مع إضافة مقرنصات كبيرة الحجم أسفل عقد المحراب مع تغطية الأجزاء السفلى من جدران المحراب ببلاطات قاشانى ذات رسومات على شكل محاريب منفذة بزخارف نباتية. وعلى عكس المحراب، فالمنبر يتجه نحو القبلة وهو يتكون من ثلاث درجات تنتهى بالمقعد، وجميع زخارفه مذهبة بما في ذلك قرص وأشعة الشمس التي تزخرف ظهر المقعد. وتختلف زخرفة سقف الأيوان الغربى عن الشرقى، فقد زخرف بقرص واشعة الشمس التي تملأ ساحة السقف، وبأعلى الجدران توجد نوافذ من الزجاج الملون المعشق بالجص، كما توجد لوحات منفصلة، بعضها مستديرة والأخرى مستطيلة، وضعت بالتبادل عليها أسماء الله الحسنى وتتوسط أريكه المبلغ الأيوانين وهى من الخشب ذى الزخارف البسيطة.