كشف تقرير حكومي صادر عن وزارة البيئة وهيئة تنمية الثروة السمكية، حجم الملوثات الموجودة ببحيرة المنزلة، والتي وصلت إلى نحو 6.8 مليارات متر مكعب في العام، من الصرف الزراعي والصناعي والصحي المعالج وغير المعالج. وتابع التقرير، أن من ضمن تلك الملوثات 6.6 مليارات متر مكعب من الصرف الزراعي، و226 مليون متر مكعب صرف صحي، و3.8 ملايين متر مكعب صرف صناعي، وأن في حالة استقطاع أي مساحات من البحيرة بالردم، فإن ذلك يؤدي إلى ارتفاع نسب التلوث، وتركز الملوثات في البحيرة، وما له من آثار سلبية على سلامة الغذاء والبيئة والصحة العامة.