قال القيادي الجهادي «محمد الظواهري» وشقيق زعيم تنظيم القاعدة «أيمن الظواهري»: "إن الأمن الوطني ما زال يمارس أسلوبه القمعي للجهاديين, مطالبا بتطهير وزارة الداخلية بشكل كامل لما تنتهجه من أساليب النظام السابق. وأشار في تصريحاته ل«فيتو» أن عفو الرئيس «محمد مرسي» عن الجهاديين لم يشكل الأسماء كافة بل اقتصر الأمر على عدد معين منهم, مشددا على رفض التيار الجهادي خوض أي انتخابات سياسية قادمة نتيجة انطلاقها من دستور باطل وفاسد, نتيجة ضم الجمعية التأسيسية لصياغة الدستور مجموعة من الأقباط والعلمانيين بالإضافة إلى تنازلات قدمها الإسلاميون تصطدم بالشريعة الإسلامية. وأوضح أن عودة أخيه «أيمن الظواهري» إلى مصر مرتبطة باستكمال رسالته في تطهير بلاد الإسلام من أعداء الله، على حد وصفه. من جهة أخرى طالب «الظواهري» بتغيير علم مصر إلى علم ذو صبغة إسلامية صريحة يدلل على هوية الدولة المصرية كيفما الحال مع بريطانيا والتي وضعت الصليب في وسط علمها. يذكر أن «محمد الظواهري» أحد رموز التيار الجهادي بمصر وسافر إلى أفغانستان عام 1984 للمشاركة في الجهاد ضد الاتحاد السوفيتي, ولكنه تم القبض عليه وتسليمه إلى مصر إلى أن تم الإفراج عنه في 2011 وأعيد اعتقاله بسبب الحكم الصادر ضده بالإعدام في القضية المعروفة إعلاميا بالعائدين من ألبانيا حتى صدر له قرار البراءة.