غياب التنظيم الجيد لعملية التصويت، كان السمة الواضحة لمجريات اليوم الانتخابى الأول، واتضح ذلك جليا مع بداية عملية التصويت، الذى بدأ متأخرا فى فتح عديد من اللجان بمختلف محافظات المرحلة الأولى، بعضها وصل إلى الثانية ظهرا، الأمر الذى دفع اللجنة القضائية إلى تمديد فترة التصويت إلى الساعة التاسعة مساء، بحسب التقرير النهائى للجمعية المصرية لدعم التطور الديمقراطى. التقرير أوضح أنه بالإضافة إلى هذا، فلم تتوافر بطاقات التصويت فى بعض اللجان ووصولها متأخرة وعدم ختم بعضها بشعار اللجنة العليا للانتخابات فى لجان أخرى، وأيضا عدم توافر قارورات الحبر الفسفورى فى كثير من اللجان، الأمر الذى عطل التصويت فى عدد من اللجان، حتى يتم توفير بطاقات التصويت والحبر الفسفورى، وقد اضطر بعض رؤساء اللجان إلى البدء فى عملية التصويت دون وجود حبر فسفورى. مراقبو الجمعية رصدوا وجود عديد من استمارات التصويت غير مختومة بختم اللجنة القضائية المشرفة على الانتخابات، الأمر الذى أثار عديدا من التساؤلات والتكهنات حول صحة هذه البطاقات، مما حدا برئيس اللجنة إلى التصريح بأن استمارات التصويت غير المختومة سوف يكتفى لإثبات صحتها بتوقيع القاضى رئيس اللجنة عليها.