حالة من الجدل سيطرت على خبراء الآثار، فيما يتعلق بأسباب نقل القطع الأثرية إلى المتحف المصرى الكبير رغم عدم الانتهاء من بنائه، خصوصًا بعد الحريق الذى نشب فى محيطه، والذى كان من الوارد أن يسبب خسائر وضررا للمقتنيات الأثرية. وفى هذا الشأن يقول الدكتور رأفت النبراوى خبير الآثار، فى تصريحات خاصة ل"التحرير"، إنه كان من المفترض أن تنقل القطع الأثرية بعد انتهاء بناء المتحف الكبير، ونحن لا نفهم الدواعى وراء النقل أثناء أعمال البناء، مشيرًا إلى أنه كان من الممكن حدوث مشكلة كبيرة إذا وصل الحريق إلى داخل المتحف. وأوضح، أن قرار نقل القطع قبل انتهاء أعمال البناء يعد من الأخطاء الفادحة، وكان لا بد من اتباع الأنظمة العالمية لعرض التحف فى المتاحف حديثة البناء، مشيرًا إلى أنه لا بد من أن توضع التحف فى المخازن لحين الانتهاء من جميع أعمال البناء، ثم تعرض التحف فى قاعات العرض. وعلى الجانب الآخر يقول خبير الآثار المصرية الدكتور محمد عبد المقصود فى تصريحات خاصة ل"التحرير"، إن مخازن المتحف الكبير معدة بشكل جيد، ومنفصلة عن المتحف ومؤمنة، مشيرًا إلى أن أى مكان معرض لمخاطر مثل نشوب حرائق، لكن المخازن معدة قبل إنشاء المتحف، لأنه يتم ترميم القطع قبل عرضها. وأشار إلى أن المتحف المصرى سيظل أعظم المتاحف المصرية، لأنه يضم كافة الفنون، كما أنه أفضل متاحف العالم، ولن يؤثر بناء المتحف الكبير على قيمته، لأنه لا يضم سوى جناح واحد لتوت عنغ آمون. وكان طارق توفيق، مدير عام المتحف المصرى الكبير، قال فى تصريحات ل"التحرير"، إن المقتنيات والقطع الأثرية لم تتعرض لأذى جراء الحريق، ولم تصل الحرائق لداخل المتحف المصرى الكبير، مشيرًا إلى أن افتتاح المتحف سيكون نهاية العام. وأوضح أن الحريق نشب فى السقالات خارج المتحف المصرى الكبير، ولا توجد خسائر بشرية على الإطلاق، كما لم يتعرض أحد لإصابات، مؤكدًا أن المبنى لم تطله خسائر كثيرة. فيما انتدبت نيابة جنوبالجيزة المعمل الجنائى، لفحص آثار الحريق الذى نشب بالمتحف المصرى الكبير بحى الهرم، وحصر حجم الخسائر، للوقوف على ظروف وملابسات الحريق، كما طلبت تحريات المباحث حول الواقعة، وتقرير رجال الحماية المدنية الذين تولوا عملية السيطرة على النيران.