يناير 2016 «زيارة السيسي للكاتدرائية» زيارة الرئيس السيسي للكاتدرائية أثناء صلاة عيد الميلاد المجيد للمرة الثانية
مارس 2016 «انتهاء أزمة دير وادي الريان» انتهت أزمة دير وادي الريان التي بدأت أكتوبر 2015 بسبب اعتراض بعض الموجودين داخله على شق طريق «الفيوم - الواحات» مرورًا بالدير، لأن ذلك يتطلب هدم السور وجزء كبير من مبانيه المنحوتة فى الصحراء، وهو ما نفذته أجهزة الدولة بالفعل، الأمر الذي اعترض عليه الرهبان والمقيمين بالدير، إلى أن تطور الأمر بإحراق أحد بلدوزرات الشركة المسؤولة عن المشروع وتم قبول عرض المهندس إبراهيم محلب مساعد رئيس الجمهورية للمشروعات القومية والاستراتيجية، الذي ينص على أن مساحة الأرض 13 ألف فدان، يقام الدير على مساحة 3500 فدان منها، ومزرعة على مساحة 1000 فدان تابعة للدير أيضًا، بينما تُخصص المساحة الباقية كمحمية طبيعية، على أن يمر الطريق خلالها».
يونيو 2016 «حوادث طائفية في المنيا» تجريد سيدة قبطية من ملابسها فيما عرف ب"أحداث قرية الكرم"، والتي قالت مطرانية المنيا إنه تم خلالها التعدي على 7 منازل أقباط، وتجريد سيدة مسيحية مسنة من ثيابها بعد شائعة علاقة بين مسيحي ومسلمة. تلاها أحداث قرية «كوم اللوفي»، التابعة لمركز سمالوط، بعد انتشار خبر يفيد بتحويل بيت أحد الأقباط هناك، ويدعى أشرف خلف، إلي كنيسة، وقام متشددون بالقرية بمهاجمة المنزل وحرقه، إلى جانب حرق 4 منازل أخرى مملوكة لأقباط، كما قاموا بطرده هو وأسرته من القرية.
أغسطس 2016 «وفد كنسي يغادر إلى القدس» أعلنت الكنيسة الأرثوذوكسية إرسال وفد إلى القدس، يضم كلًا من الأنبا بيمن، رئيس لجنة الأزمات بالكنيسة الأرثوذوكسية، ومنسق العلاقات بين الكنيستين المصرية والإثيوبية، والأنبا رافائيل، سكرتير عام المجمع المقدس، والأنبا يوسف، أسقف الولاياتالمتحدة، تلبية لدعوة الكنيسة الإثيوبية لحضور إجراءات ترميم دير السلطان في القدس. وملف ملكية هذا الدير لا يزال موضع مفاوضات بين الكنيستين الأرثوذكسية والإثيوبية على الصعيد الديني.
سبتمبر 2016 «الكنيسة تدعم السيسي في أمريكا» دعمت الكنيسة بشكل رسمي الرئيس عبد الفتاح السيسي أثناء زيارته للأمم المتحدة هذا العام. وأصدر البابا تواضروس، توجيهات للكنائس المصرية بالولاياتالمتحدة، للحشد من أجل دعم زيارة الرئيس في الأممالمتحدة، ومن أجل ذلك أرسل وفد يضم الأنبا يوأنس، أسقف أسيوط، والأنبا بيمن، أسقف نقادة وقوص.
سبتمبر 2016 «إصدار قانون بناء الكنائس رسميًا» بعد محاولات عديدة خلال السنوات الماضية لإصدار قانون يسمح ببناء الكنائس، تم إصدار القانون هذا العام بعد موافقة مجلس النواب عليه، تنفيذًا للمادة ال235 للدستور.
نوفمبر 2016 «البابا تواضروس يستقبل رئيس الكنيسة اللوثرية» استقبل البابا تواضروس بالمقر البابوى بالكاتدرائية المرقسية بالعباسية، أنجيه جاكلين، رئيس الكنيسة اللوثرية بالسويد والوفد المرافق لها.
ديسمبر 2016 «زيارة البابا تواضروس إلى اليونان لأول مرة بعد 25 عام» توجه البابا تواضروس على رأس وفد كنسي إلى أثينا في زيارة استغرقت عدة أيام، قام خلالها بتدشين كنيسة قبطية جديدة، وتعتبر هى الزيارة الأولى بعد قطيعة بين الكنيستين المصرية واليونانية بسبب خلافات في الأمور العقائدية.
ديسمبر 2016 «تفجير بالكنيسة البطرسية الملحقة بالكاتدرائية» قام الانتحاري محمود شفيق - بحسب ما ذكره الرئيس السيسي - بارتداء حزام ناسف وتفجير الكنيسة، وهو الحادث الذي أودى بحياة 26 شخص إلى جانب عشرات المصابين، كما أدى إلى تدمير جزء كبير من الكنيسة.