"كل البيانات والوثائق متدينيش غير إن أنا أقول الحق ده بتاعهم.. بقول الكلام ده عشان تطمنوا مش الجزيرتين تطمنوا على الراجل اللي إنتوا أمنتوه على بلدكم وعلى عرضكم وعلى أرضكم"، هكذا قال الرئيس عبد الفتاح السيسي قبل ثلاثة شهور فقط من حكم محكمة القضاء الإداري بإلغاء اتفاقية ترسيم الحدود بين مصر والسعودية، ليكون ذلك أول "تعارض معلن" بين الرئيس والقضاء، منذ توليه مقاليد الأمور في مصر. 24 يونيو 2014 علق الرئيس عبد الفتاح السيسي، على أحكام الإعدام بحق 37 إخوانيا وإحالة أوراق أكثر من 600 آخرين بينهم محمد بديع المرشد العام للجماعة للمفتى لاستطلاع رأيه الشرعى فى إعدامهم، في حفل تخرج دفعة ضباط بالكلية الحربية، في 24 يونيو 2014: "حصل نقاش كتير على الأحكام اللي صدرت من القضاء، أنا اتصلت بالسيد وزير العدل وقلت له لن نتدخل في أحكام القضاء، لإن القضاء المصري مستقل وشامخ، إذا كنا ننشد دولة مؤسسات بجد يبقى لازم نحترم أحكام القضاء ولا نعلق عليها". 13 أبريل 2016 بعدما عصفت أزمة "تيران وصنافير" بالرأي العام المصري، عقد الرئيس لقاء موسعا مع ممثلين عن فئات المجتمع المختلفة، أطلق عليه "لقاء الأسرة المصرية"، تحدث خلاله بإسهاب عن كواليس توقيع اتفاقية ترسيم الحدود: "وزارة الخارجية بأرشيفها السري على مدى تاريخها، وزارة الدفاع بالأرشيف السري، والمخابرات العامة بأرشيفها السري الذي لا يطلع عليه أحد، قلت لهم شوفوا الموضوع وردوا هل لديكم شيء؟ (لأ مفيش).. الورق المقدم من أجهزة الدولة يؤكد كده.. سياق فني بنتكلم على التاريخ على الوثائق ملوش علاقة بالسياسة.. ألاقي زميل بيتكلم عن القضية من منظور سياسي والناس بتسمع منه.. ألاقي حد تاني بيتكلم بمنظور قانوني والحقيقة أغلبهم كانوا عادلين من المنظور ده لإن القانون له وجه واحد". "فيه حد قال طب اسألوا كل الناس. طب والله سألت كل الناس.. كل الناس؟ آه كل الناس. ليه؟ لإن ده حق بلد ما أقدرش آخد فيه.. كل اللي بقول عليه ده ماكانش ينفع يتعلن بقول كده دلوقتي عشان تبقوا متطمنين على بلدكم. أقول تاني (كل البيانات وكل الوثائق متدينيش غير إن أنا أقول الحق ده بتاعهم)". "لجان فنية متخصصة مش أي حد يعرف يتكلم فيها عملت 11 جلسة.. يعني مفيش في وزارة الخارجية وطني كلهم ناس مش كويسين مستعدين يبيعوا بلدهم، مفيش في المخابرات العامة وطني وكلهم عايزين يبيعوا بلدهم؟ مفيش في الجيش حد وطني وكلهم مستعدين يبيعوا بلدهم؟ إنتو حاجة صعبة قوي! صعبة بجد دي بلدكم ودول ناسكم". "خلوا بالكم إنتم بتتكلموا عن الموضوع بنسق الفرد وأنا بكلمكم إن الموضوع بيتم تناوله بنسق الدولة بمؤسسات الدولة بأجهزة الدولة بكل ما تعني هذه الكلمة.. كل من كان له صلة بالموضوع وعايش موجود وسطينا جبناه، بقول الكلام ده عشان تطمنوا مش الجزيرتين تطمنوا على الراجل اللي إنتوا أمنتوه على بلدكم وعلى عرضكم وعلى أرضكم.. عرضكم وأرضكم أمانة هنا". "ترسيم الحدود البحرية يخضع لمعاهدات دولية وقواعد يجب أن نسير عليها، عينا الحدود بناء عن قرار جمهوري سنة 90 اتحطت فيه النقط المساحية وتم إخطار الأممالمتحدة وقتها، وبالمناسبة إحنا أصرينا على عدم تغيير أي نقطة.. حد تاني يقولك حاجتنا ونخش في أزمة وليه؟؟ إذا كنت إنت بتحب الحق صحيح لما تيجي تتعامل مع الناس في حقوقها اديها حقها". "أنا قلت كلام كتير في الموضوع دوت وخلينا نحسمه أو أنهيه يعني من فضلكم أرجو إن الموضوع ده منتكلمش فيه تاني أرجو إن إحنا منتكلمش فيه تاني. أنتم بتسيئوا لنفسكم وفيه برلمان إنتوا اخترتوه هيناقش الموضوع.. أرجوا إن إحنا نتوقف.. مينفعش نبقى متشككين في كل حاجة". 23 أبريل 2016 في كلمته التي ألقاها بمناسبة الاحتفال بعيد القضاء، يوم 23 أبريل الماضي، بعد 10 أيام فقط من لقاء "الأسرة المصرية"، قال الرئيس السيسي "كما يطيب لى اليوم أن أتحدث إليكم في يوم القضاء المصرى إدراكا وتقديرا لدور تلك المؤسسة الوطنية العريقة وصروحها العظيمة التي تشهد على المكانة الرفيعة لرجال العدالة والرسالة السامية التي تحملون أمانتها إرضاء لله عز وجل وإنفاذا للدستور والقانون تُحقق أحكامكم العدالة وترفع المظالم وتعيد الحقوق لأصحابها". وأضاف: "لا يسعنى في حضور القضاة الأجلاء أعضاء مجلس القضاء الأعلى ورؤساء الجهات القضائية إلا أن أعرب عن تقدير الدولة لما تقوم به الجهات والهيئات القضائية المصرية الموقرة من عمل جليل فالأسرة القضائية مسؤوليتها جسيمة وستظل تضطلع بتلك المسؤوليات على خير وجه تؤدى الأمانات إلى أصحابها متسلحة بتقاليد عريقة، وقيم نبيلة، وتعاليم سامية، وأعراف تزداد رسوخا عبر الزمن وسيظل القائمون عليها أهلا للعدالة والحكمة". 21 يونيو 2016 قضت الدائرة الأولى بمحكمة القضاء الإداري بمجلس الدولة، برئاسة المستشار يحيى دكروري، نائب رئيس مجلس الدولة، في دعويي وقف تنفيذ اتفاقية ترسيم الحدود بين مصر والسعودية ببطلان اتفاقية ترسيم الحدود بين مصر والسعودية، واستمرار تبعية الجزيرتين للسيادة المصرية، ورفض دفع هيئة قضايا الدولة بعدم الاختصاص. وجاء في حيثيات الحكم، أن "أرض الوطن ملك للأمة ولا تسجل في الشهر العقاري وإنما في سجل التاريخ. والحكومة غيبت الدفاع الموضوعي واعتصمت بالصمت.. ولا يليق بجهة الإدارة أن تلجأ إلى حيل الدفاع. كما يجب أن يكون رائد الحكومة الصالح العام خصوصًا حين يتعلق النزاع بشأن وطني ويتصل بتراب الوطن". وأضافت الحيثيات: "توقيع الحكومة على اتفاق تيران وصنافير ليس من أعمال السيادة.. «أعمال السيادة» ليست نظرية جامدة يتسع نطاقها في «النظم الديكتاتورية» ويضيق كلما ارتفعت الدولة في الديمقراطية.. ولا يجوز للحكومة أن تستتر خلف ستر أعمال السيادة لمنع القضاء من بسط رقابة المشروعية". وتابعت: "أرض الوطن هي شأن كل مواطن في مصر والشعب وحده هو صاحب السيادة يمارسها ويحميها وهو مصدر السلطات.. والنزاع القائم بين المواطنين والسلطة التنفيذية حول اختصاصها بإبرام معاهدة معينة هو نزاع وطنى. و موافقة ممثل الدولة على المعاهدة يجب أن يتم وفقًا لأحكام قانون الدولة".