قال المستشار شعبان الشامي رئيس محكمة جنايات القاهرة قبل الحكم بقضي التخابر الكبرى، إن جماعة الإخوان نشأت منذ مارس 1928 على يد مؤسسها حسن البنا في باطنها الدين وظاهرها السياسة تهدف إلى الحزبية وأنها تقنعت بالشرعية الإسلامية فكان الخلط الهادف إلى سلطة الحكم بهدف تحقيق الخلافة الإسلامية، واستمر حال الجماعة، مضيفًا أن الدفع بعدم اختصاص المحكمة ولائيًا مرفوض. وأضافت الجماعة أن أوراق القضية أنهم تخابروا ضد البلاد وأن هذه المحكمة تقدم لقضاها رد على الدفع بعدم الاختصاص بان ما حدث يوم 30 يونيو كان ثورة حقيقة أطاحت به من الحكم . وتضم القضية 22 متهما محبوسا بصفة احتياطية على ذمة القضية، يتقدمهم محمد مرسي وكبار قيادات تنظيم الإخوان الإرهابي، علاوة على 13 متهما آخرين هاربين أمرت النيابة بسرعة إلقاء القبض عليهم وتقديمهم للمحاكمة محبوسين احتياطيا. وأسندت النيابة العامة إلى المتهمين تهم التخابر مع منظمات أجنبية خارج البلاد، بغية ارتكاب أعمال إرهابية داخل البلاد، وإفشاء أسرار الدفاع عن البلاد لدولة أجنبية ومن يعملون لمصلحتها، وتمويل الإرهاب، والتدريب العسكري لتحقيق أغراض التنظيم الدولي للإخوان، وارتكاب أفعال تؤدي إلى المساس باستقلال البلاد ووحدتها وسلامة أراضيها. وكانت النيابة العامة قد أسندت إلى المتهمين تهم التخابر مع منظمات أجنبية خارج البلاد ، بغية ارتكاب أعمال إرهابية داخل البلاد ، وإفشاء أسرار الدفاع عن البلاد لصالح دولة أجنبية ومن يعملون لمصلحتها ، وتمويل الإرهاب ، والتدريب العسكري لتحقيق أغراض التنظيم الدولي للإخوان ، وارتكاب أفعال تؤدي إلى المساس باستقلال البلاد ووحدتها وسلامة أراضيها. وكشفت تحقيقات النيابة العامة أن التنظيم الدولي الإخوان قام بتنفيذ أعمال عنف إرهابية داخل مصر بغية إشاعة الفوضى العارمة بها ، وأعد مخططا إرهابيا كان من ضمن بنوده تحالف قيادات جماعة الإخوان المسلمين بمصر مع بعض المنظمات الأجنبية ، وهي حركة المقاومة الإسلامية "حماس" الذراع العسكري للتنظيم الدولي للإخوان ، وحزب الله اللبناني وثيق الصلة بالحرس الثوري الإيراني ، وتنظيمات أخرى داخل وخارج البلاد ، تعتنق الأفكار التكفيرية المتطرفة ، وتقوم بتهريب السلاح من جهة الحدود الغربية عبر الدروب الصحراوية. كما كشفت التحقيقات عن وجود تدبير لوسائل تسلل لعناصر من جماعة الإخوان إلى قطاع غزة عبر الأنفاق السرية ، وذلك بمساعدة عناصر من حركة حماس لتلقي التدريب العسكري وفنون القتال واستخدام السلاح على يد عناصر من حزب الله اللبناني والحرس الثوري الإيراني ، ثم إعادة تلك العناصر بالإضافة إلى آخرين ينتمون إلى تلك التنظيمات إلى داخل البلاد. وأظهرت التحقيقات أن المتهمين اتحدوا مع عناصر أخرى تابعة للجماعات التكفيرية المتواجدة بسيناء، لتنفيذ ما تم التدريب عليه ، وتأهيل عناصر أخرى من الجماعة إعلاميا بتلقي دورات خارج البلاد في كيفية إطلاق الشائعات وتوجيه الرأي العام لخدمة أغراض التنظيم الدولي للإخوان ، وفتح قنوات اتصال مع الغرب عن طريق دولتي قطر وتركيا. كما أوضحت التحقيقات أن التنظيم الدولي وبعض البلاد الأجنبية دعموا قيادات جماعة الإخوان بمصر، بتحويل الأموال اللازمة لهم لتنفيذ المخطط الإجرامي وخلق الفوضى بالبلاد.. حيث بدأ ذلك المخطط عام 2005 واستكملت حلقاته إبان ثورة يناير 2011 لاستغلال الأحداث الجارية بالبلاد، إذ تم الاعتداء بالأسلحة النارية على قوات الأمن والمواطنين في أنحاء متفرقة إمعانا في تكريس حالة الفوضى ، وإضرارا بالأمن القومي المصري. كما بينت التحقيقات أن المتهمين قاموا برصد المنشآت الأمنية بشمال سيناء، تمهيدا لفرض السيطرة عليها وإعلانها إمارة إسلامية في حالة عدم إعلان فوز المتهم محمد مرسي العياط في الانتخابات الرئاسية.