أزمة جديدة يواجهها مشروع قانون إصلاح الأزهر الذى طال انتظاره، بعد الخلاف الذى نشب بسبب رغبة البعض داخل لجنة القانون فى إقرار انتخاب شيخ الأزهر من هيئة إسلامية عالمية، بالإضافة إلى الخلاف الذى ظهر بعد قرار الأزهر عرض القانون على المجلس العسكرى دون الانتظار حتى ينعقد مجلس الشعب، وتمرير القانون دون موافقة المجلس ولا الرئيس القادم، وهو الأمر الذى صدق عليه جميع أعضاء المجمع. كثير من الأعضاء أكدوا أنهم موافقون على عدم أهمية رأى مجلس الشعب، بحجة أن المجلس يسيطر عليه التيار الإسلامى الذى يرفض سياسة الأزهر التى تتميز بالوسطية. من جهة أخرى، أكد الدكتور أحمد عمر هاشم عضو مجمع البحوث الإسلامية، أن المجمع قرر عمل لجنة لاختيار أعضاء هيئة كبار العلماء التى كان قد صدر قرار بعودتها فى الجلسة الأخيرة، مشيرا إلى أن اللجنة ستتكون من كبار علماء الأزهر، مشيرا إلى أن المجمع وضع شروطا للمنضمين إلى هذه الهيئة، أهمها أن لا يقل سن العضو عن 60 سنة، وأن يكون قد سبق وقدم عددا من المؤلفات، وأن يكون قام بعمل بحثين مبتكرين فى علوم الفقة الإسلامى، مشيرا إلى أن السماح بوجود أعضاء من خارج مصر فى هذه اللجنة من الأمور المرفوضة عند أغلب أعضاء المجمع، وقال إن عودة الهيئة يقع ضمن الإعداد لقانون إصلاح الأزهر الذى يشرف عليه عدد من القانونيين ورجال الأزهر على أن لا يزيد عدد المنضمين لها على 30 عضوا. الدكتور محمد الشحات الجندى عضو المجمع، قال إنه لا يمانع فى أن تضم هذه اللجنة علماء من خارج مصر، وإن مسألة خروج الأزهر من النطاق المحلى شىء طبيعى، فقد سبق وتولى منصب شيخ الأزهر الشيخ الخضر الحسين ولم يكن مصرى الجنسية، موضحا أنه يتوقع أن تقوم الهيئة بالعمل على استعادة دور الأزهر وتحقيق الاستقلال المنشود الذى يتمناه الجميع وأن رسالة الأزهر لا تقتصر على مصر فقط. جدير بالذكر أن مهمة تطوير الأزهر هى دور المجلس الأعلى للأزهر، حيث إنه الجهة الوحيدة التى يفترض أن تقوم بهذا الدور، إلا أن المجمع كان قد أوكل ذلك إلى لجنة قانونية، تتكون من كل من الدكتور محمد سيد أبو طالب والدكتور أسامة العبد رئيس جامعة الأزهر الحالى والمستشار سيد سلطان وجمال أبو الحسن المستشار القانونى بمشيخة الأزهر والدكتور محمد صابر العرب ومحمد كمال الإمام أستاذ القانون بجامعة الإسكندرية والدكتور عبد الله النجار عضو مجمع البحوث، برئاسة الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر، وكان القانون 103 الخاص بتنظيم الأزهر قد صدر بقرار جمهورى عام 1961 بشأن تنظيم الأزهر وهيئاته.