الجماعة استبعدت القيادات التاريخية ومنهم كرم زهدى وناجح إبراهيم كشفت قضية سعى خلية إرهابية من 6 أشخاص لانتهاج العمل المسلح من خلال تفجير السيارات، وانفصال أبو العلا عبدربه، قاتل فرج فودة عن الجماعة الإسلامية ودعوته للعمل المسلح تحت اسم الجهاد وإلقاء القبض على عصام دربالة رئيس مجلس شورى الجماعة الاسلامية والعقل المدبر لكل شىء الا أن الرجل يكره الظهور فى الاعلام ويحب أن يدير كافة اموره عن بعد بحسب مقربين من الشيخ عن أزمة حقيقية داخل الجماعة الإسلامية ومازال البحث جاريًا عن خليفة لدربالة. حيث نشر على إسماعيل القيادى بالجماعة الإسلامية وأحد المقربين من أسامة محمد مرسى نجل الرئيس المعزول محمد مرسى. مقالاًَ فى أحد المنتديات الخاصة بأعضاء وقيادات الجماعة الإسلامية بعنوان «ادركوا الفرصة الأخيرة»، وطالب فيها صراحة بفتح باب الجهاد المسلح ضد الدولة، مشددا على أن شرعية مرسى لن تعود إلا بالعمل المسلح ومقاتلة من أطلق عليهم «الفئة الباغية». فيما قال طارق الزمر أن ما أعلنته وزارة الداخلية غير صحيح، وأنها جماعة تنتهج السلمية، وان الداخلية تدفع نحو إقحام اسم الجماعة الإسلامية ضمن مجموعات تتبنى العنف، فهذا الكلام عارٍ تمامًا من الصحة».واكد أن الداخلية تعتمد على ما يوصله لها الموتورون المنشقون من أبناء الجماعة وبناء على بلاغات مؤسس تمرد الجماعة. من ناحية اخرى اتهم عوض الحطاب، القيادى المنشق عن الجماعة الإسلامية والأمير السابق لها فى دمياط، قيادات الجماعة بأنهم متورطون فى العنف وأن الجماعة لم تتخل عن أعمال التكفير والإرهاب، واصفًا إياها ب «أساس العنف فى مصر». مصادر قالت إن هناك نية للدفع لتعيين الشيخ عبود الزمر رئيسا لمجلس شورى الجماعة الإسلامية، أو الشيخ صلاح هاشم، باعتبارهما أحد الأعضاء القدامى لمجلس شورى الجماعة الإسلامية، كما أنه يستطيع أن يخرج الجماعة الإسلامية من أزمتها الحالية. وأوضحت المصادر أن القبض على عصام دربالة سيكون له تأثير كبير على الجماعة الإسلامية، فهو رجل الجماعة الأول وبيده معظم خيوطها، وأن القبض عليه «انفراط لعُقد الجماعة» الذى كان يحاول هو جاهداً مؤخراً «لمه» وترميمه على خلفية تداعيات استمرار الجماعة فى تحالف الإخوان ومحاولة فرض رؤية قيادات الخارج. واتهمت المذكرة الجماعة بأنها كانت عنصر تفريق للأمة ومشعلى فتنة ومحركى عصبية جاهلية وممارسى أنشطة عسكرية وينطبق عليهم قانون الكيانات الإرهابية.