ارتكبت جماعة الإخوان العديد من الجرائم فى عهد الرئيس الراحل جمال عبد الناصر، حيث حاولت إسقاط المشروع الوطنى للرئيس الراحل يهدف إلى الاستقلال، وسعت لنشر الفوضى، وممارسة العنف، بدءا من محاولة اغتيال الرئيس الراحل فى حادث المنشية عام 1954، وحتى ظهور تنظيم 65 بقيادة سيد قطب، الذى سعى لتفجير القناطر الخيرية وإسقاط الحكم وممارسة اغتيالات سياسية، وفى الذكرى ال 50 لرحيل الرئيس الراحل نبرز أبرز جرائم الإخوان في عهد الرئيس الراحل. خبراء بشؤون الحركات الإسلامية كشفوا تلك الجرائم، حيث أكد هشام النجار، الباحث الإسلامى، أن الرئيس والزعيم الراحل جمال عبد الناصر كان لديه مشروع وطني عروبي يعتمد على تحقيق الاستقلال والتحرر من الاستعمار الأجنبي وتحقيق السيادة الوطنية بالتوازي مع إنجاز إصلاحات اجتماعية واقتصادية تحرر المصريين الذين عانوا من الظلم الطبقي وتعطيهم حقوقهم في ثروات بلادهم بعد أن كانت مرتهنة لطبقة الاغنياء والباشاوات، موضحا أن هذا المشروع كشف بشكل كبير كيف أن جماعة الاخوان مناهضة تماما فكرا وممارسة لمشاريع وخطط الاستقلال الوطني وتحقيق التماسك الاجتماعي والوحدة العربية.
وأوضح الباحث الإسلامى، أنه بمراجعة التاريخ والمواقف والممارسات على الأرض والمناهج المكتوبة في منشوراتهم نجد أن الاخوان لديها مشروع معاكس وفي الاتجاه المقابل لارتهان مصر لإرادة قوى خارجية وأول سبب في اتخاذ ناصر إجراء ضدهم والبدء في تحجيم حضورهم في المشهد المصري هو تعاملهم وتعاونهم مع قوى خارجية وفي مقدمتهم الإنجليز الذين سعوا عن طريق الإخوان لضرب مشروع عبد الناصر سواء لتحقيق الاستقلال الكامل عن المحتل الأجنبي أو مشروع تحقيق الوحدة العربية.
من جانبه أكد طارق أبو السعد، القيادى السابق بجماعة الإخوان، أن الإخوان يعملون لهدف خفي عن الناس ودائما اختياراتهم تهدد سلامة المجتمعات وتبعث على الاحتراب الداخلي ولو على حساب مكاسبهم، موضحا أن التنظيم ارتكب جرائم عديدة خلال حكم الرئيس الراحل جمال عبد الناصر، مشيرا إلى أن الرئيس الراحل وجد مراوغة شديدة من قبل الجماعة ضد الوطن، وكان كلما اقترب من اتفاق معهم نقضه التنظيم حيث كانوا دائما في موقف مناهض للدولة، ومارسوا الإرهاب والعنف ضد كل معارضيهم فى مصر.
وأضاف طارق أبو السعد أن جمال عبد الناصر كان يسعى لاستقرار نظام الحكم، إلا أن الإخوان جعلوه هدفا لهم ووسموه بكل نقيصة، والجرائم الكبرى التى وقعت فيها الجماعة كثيرة منها محاولة اغتيال عبد الناصر فى ميدان المنشية، ومنها التأمر مع الإنجليز على الثورة وعلى شخصه، وكذلك مخططاتهم لنسف القناطر الخيرية، كل هذا جعله – أى جمال عبد الناصر - يدرك أنهم لم ولن يكونوا فصيلا وطنيا، ولا يمكن دمجهم في الحياة السياسية فهم ضد التعايش مع المجتمع، لافتا إلى أنه فى 20 من نوفمبر 1953م مقتل السيد فايز مسئول التنظيم السري على أيدي أعضاء التنظيم، وفي 26 أكتوبر 1954 محاولة اغتيال عبد الناصر أثناء إلقاء خطاب في ميدان المنشية بالإسكندرية بمصر، بجانب جريمة تنظيم سيد قطب في 65 الذي يهدف إلى إشاعة الفوضى وتفجير القناطر الخيرية، بل إنه في مذكرات عبد المنعم عبد الرؤف الذى كان ينتمى لجماعة الإخوان، أكد على تخطيطهم لعمليات قتل وتفجير أكثر من هذا لكنها لم تتم لإفشال عبد الناصر لها في مهدها
