تعاني منطقة آثار دير مارمينا بمنطقة برج العرب غرب الإسكندرية العديد من المشاكل، التى تسببت فى تدهورها و تهددها بالخروج من قائمة التراث العالمي ووضعها فى قائمة الآثار المعرضة للخطر التى ترصد الآثار المهددة بالضياع. وقالت نهاد محمد، مديرة المنطقة الأثرية ببرج العرب، إنه رغم أهمية منطقة دير مارمينا المدرجة فى قائمة التراث العالمي، إلا أن خطر الإهمال والتعديات الأثرية والمياه الجوفية يهددها بالضياع والاختفاء. وأضافت مديرة المنطقة الأثرية، أن التعديات التى تشهدها المنطقة الأثرية بسبب الأهالي وبسبب الدير ذاته، وإنه صدر لها 6 قرارات إزالة على مرحلتين، المرحلة الأولى صدر لها 4 قرارات من 2012 والمرحلة الثانية قرارين من 2006، مشيرة إلى أنه تم تنفيذ المرحلة الأولى والثانية فوى حاجة لقرار وزير الآثار ودراسة أمنية. وأشارت إلى أن لجنة أثرية من مديرية الآثار بالإسكندرية تمكنت من من تنفيذ قرارات إزالة المرحلة الأولى الصادرة من المجلس الأعلى للآثار. ولفتت مديرة المنطقة الأثرية إلى أن تعديات الأهالي عبارة عن أسوار تسببت فى تشويه المظهر الحضاري و الأثرى، خاصة وأن الدير يستقبل عدد كبير من الزائرين. وتابعت مديرة المنطقة الأثرية، أن المرحلة الثانية الخاصة بتعديات الدير نفسه صدر لها قراران إزالة هما 2427 عام 2006، و4620 عام 2006، ولم يتم تنفيذهما حتى الآن لحاجة الأمر إلى قرار يصدر من وزير الآثار و إلى دراسة أمنية لأن التعديات تأتى من قبل الدير. وأوضحت أن التعديات التي تسبب فيها الدير عبارة عن كشكين، الأول يستخدم ككنيسة مصغرة والكشك الآخر استراحة وكافيتريا. أما مشكلة المياه الجوفية فقال مصدر مسؤول بالدير، إن ارتفارع منسوب المياه الجوفية تسبب فى تدهور الأثر واختفاء المقبرة، مشيرا إلى أن مديرية الآثار بصدد تنفيذ مشروع لخفض المياه الجوفية فى المنطقة. وأضاف أن منطقة دير مارمينا الأثرية مدرجة منذ عام 1979 ضمن قائمة التراث العالمي كواحدة من أهم الأماكن التاريخية عالميا ولكن وضعتها منظمة اليونسكو على قائمة التراث العالمي المهدد بالخطر حتى يتم تنفيذ مشروع خفض منسوب المياه الجوفية وخطط التشغيل والحفاظ بالكامل على مستوى أمن المياه. وأشار المصدر إلى أن المجلس الأعلى للآثار وضع خطة جاري تنفيذها تشمل معالجة الأحجار المتآكلة وعزل الحوائط وحمايتها من الأمطار وترميم الجدران المائلة وشروخ قبوات الطوب.