قالت مصادر قريبة من تنظيم الاخوان إن مرشد الجماعة محمد بديع عرض على مجلس شورى الإخوان قبل القبض عليه بأيام أن يتقدم باستقالته على خلفية «الغضب المتنامى من القواعد ضد القيادات». وبحسب المصادر فإن مجلس شورى الجماعة رفض مناقشة الاستقالة لصعوبة إجراء انتخابات جديدة على منصب المرشد فى ظل الظروف الراهنة، مضيفة «أية انتخابات حالية مع تعثر الوصول للقواعد سيطعن على شرعيتها». ولم تكشف المصادر اذا كان موقف المرشد هذا كان سابقا أو لاحقا لعملية فض اعتصامات المؤيدين لمحمد مرسى. وبحسب مصدر آخر فإن عددا من قيادات الصف الثانى للجماعة كان قد وضع تصورا يقضى بتفويض المرشد صلاحياته لشخص آخر، وطرح اسم محمد على بشر وزير التنمية المحلية السابق وعضو مكتب الإرشاد السابق، كما تمت مناقشة تصعيد المتحدث السابق باسم الرئاسة ياسر على لتولى منصب قيادى بالتنظيم، وذلك قبيل القبض على بديع وتولى محمود عزت مهامه مؤقتا. فى المقابل قالت مصادر رسمية رفيعة إن الحكومة لن تتعامل مع أعضاء الجماعة باعتبارهم «كتلة واحدة» وأنها تشجع «تحول جيلى» فى صفوفها، وأن «من يرفض العنف ولا يحض عليه ويريد ان يكون جزءا من العملية السياسية حتى ولو كانت له ملاحظات عليها فمرحبا به». ويضيف «هناك مكان محجوز لهم فى لجنة تعديل الدستور». وبحسب المصدر الذى كان وثيق الصلة باتصالات مع اعضاء فى الجماعة فإن السلطة الحالية حاولت على مدار أسابيع «تشجيع قيادات وسيطة على اعلان رفضها للعنف». المصدر يقول انه اتصل شخصيا بالقيادى الإخوانى عمرو دراج يطلب منه التبرؤ من تصريحات محمد البلتاجى المحرضة على القتل، «لكن تبين انه لا يمكن له ان يتكلم الا بما يقوله البلتاجى وقال لنا ان الجماعة على قلب رجل واحد».