سافر صلاح سالم إلى السودان فى نوفمبر 1952، وشكَّل محمد نجيب وفدا مصريا للتفاوض مع وفد بريطانى يترأسه «رالف ستيفنسون» وكانت تجربة سياسية جديدة على الضباط لم يسبق لهم أن خبروها كما ذكر صلاح سالم الذى سافر إلى السودان مرة أخرى حيث اجتمع مع ممثلى الأحزاب السودانية فى 10 يناير 1953 واتفقوا على توقيع وثيقة تؤيد وجهة نظر المفاوض المصرى فيما يتعلق بموضوعات جنوب السودان، واختصاصات الحاكم العام، وسودنة الوظائف، وجلاء الجيوش الأجنبية. ويذكر «أحمد حمروش» (قصة ثورة يوليو، ج2، ص 14، 15) إنه عندما وُضِعَت هذه الوثيقة أمام المفاوضين البريطانيين سدَّت عليهم سبل المناورة، وأمكن التوصل إلى اتفاقية السودان فى 12 فبراير 1953. وهكذا، لم تستمر المفاوضات لأكثر من ثلاثة شهور وانتهت مشكلة السودان بأمل كبير فى الاتحاد مع مصر. ورأى أن موقف حركة الجيش كان سليما تماما فى وجهة النظر التى تقبل الاستفتاء فى حق تقرير المصير، وترفض إكراه شعب السودان على قبول أمر لم يختره بإرادته الحرة.. وأنه كان لمحمد نجيب دور فى تبنِّى هذه الفكرة وإقناع زملائه بها لصلاته الوثيقة بالسودان. وقَّع نجيب الاتفاقية مع ستيفنسون، وقد نصَّت على تحديد فترة انتقالية مدتها ثلاث سنوات يتم فيها تصفية الإدارة الثنائية (الأنجلو / مصرية)، يكون للحاكم العام خلالها السلطة الدستورية العليا، تعاونه لجنة خماسية تضم سودانييْن وعضو لكل من مصر وبريطانيا وباكستان، (وكان حسين ذو الفقار صبرى هو العضو المصرى)، كما تقرر تأليف جمعية تأسيسية منتخبة لتقرير مصير السودان على أساس الارتباط بمصر أو الاستقلال، وأن تنسحب القوات المصرية والبريطانية من السودان فور إصدار قرار البرلمان السودانى رغبته فى الشروع فى اتخاذ التدابير بشأن تقرير المصير، كما شُكِّلَت لجنة لسودنة الوظائف خلال فترة الانتقال. وكان توقيع الاتفاقية انتصارا لشعب السودان.. وأملا لشعب مصر فى الاتحاد معه.
وأوفد مجلس قيادة الثورة صلاح سالم فى زيارة لجنوب السودان، كما زار المديرية الاستوائية، بالإضافة إلى زيارته لمنطقة قبائل الدنكا التى استقبلته بحفاوة رقصوا فيها رقصة الحرب، وردَّ صلاح التحية بمشاركتهم فى رقصهم، ونشرت الصحف البريطانية صورته مطلقة عليه لقب «الصاغ الراقص»، وتفيد المصادر بأن صلاح كان يقدم المساعدات والهبات المالية للزعماء السياسيين ليضمن ولاءهم لمصر، وأنه بأسلوبه حقق نجاحا لا بأس به كان يمهد الطريق فعلا لوحدة النيل.
المهم أنه أُجريت أول انتخابات فى السودان فى ظل الاتفاقية، وفاز الحزب الوطنى الاتحادى بأغلبية ساحقة، وتولى الأزهرى رئاسة أول وزارة سودانية فى 9 يناير 1954، وكان الحزب يضم أغلبية من أعضاء ارتبطوا فى نضالهم الطويل بالشعب المصرى، وكان اشتراكهم فى الحزب على أساس الاتحاد مع مصر. ولكن الأمور لم تمضِ فى طريقها نحو هذا الهدف، فقد ترك مجلس قيادة الثورة الأمر لصلاح سالم يتصرف فيه وحده، دون مناقشة جماعية مشتركة أو متابعة مستمرة، وتصرَّف صلاح مع بعض الزعماء السودانيين بأسلوب الضباط وليس بأسلوب السياسيين، وبدأت الهمسات فى السودان تتردد بشأن الخلافات داخل مجلس قيادة الثورة. ويبدو أن صلاح خاض فيها بصراحته المعهودة، فانعكس ذلك خشية وترددا من بعض السياسيين السودانيين. ثم فوجئت الجماهير السودانية باستقالة، ثم إقالة محمد نجيب خلال أزمة فبراير ومارس 1954، فبدأت تتوجس خيفة من مجلس قيادة الثورة، وقامت المظاهرات تهتف لنجيب فى بعض المدن السودانية، بل إن نجيب عندما زار السودان مع صلاح سالم فى أول مارس 1954، قبل عزله نهائيا، ووجها بمظاهرات حاشدة رتبها حزب الأمة حاصرت المطار تهتف «لا مصرى ولا بريطانى.. السودان للسودانى»، وعندما تم عزل نجيب شرعت القوى السودانية المعادية للاتحاد مع مصر تعبِّر عن نفسها تعبيرا صريحا.. بل إن الأزهرى نفسه تحوَّل عن رأيه فى الاتحاد مدَّعيا أنه كان يقصد بالاتحاد «اتحاد أقاليم وقبائل السودان». ورفض هدية من الأسلحة الحديثة عرضتها مصر، ورفض كذلك إرسال ضباط سودانيين للتدريب فى مصر، كما سحب تراخيص الصحف الاتحادية.
وقد روى صلاح سالم فى مذكراته خلفيات وأساليب هذا التحول من جانب الأزهرى والحزب الوطنى الاتحادى، فضلا عن رحلة الأزهرى لبريطانيا وتأثيرها عليه. وبطبيعة الحال لم يفصح صلاح أو لعله لم يقتنع بأنه فقد بعض شعبيته فى السودان لموقفه الحاد من محمد نجيب خلال أزمة فبراير ومارس 1954، وأنه دخل فى صراع مع الأزهرى عندما أثار ضده فريقا من الحزب الوطنى الاتحادى بزعامة محمد نور الدين نائب رئيس الحزب، وبات الصراع مكشوفا، حتى خطب الأزهرى فى الجماهير السودانية وصاح مستنكرا «هل يرضيكم أن يحكمنا صلاح سالم والعسكريون فى مصر؟.. فتصرخ الجماهير: لا.. لا». ومن الأساليب غير الموفقة التى اتبعها صلاح محاولة التحالف مع الشيوعيين السودانيين فى معركته ضد الأزهرى. تلك التى حاول فيها الاستعانة فى أول سبتمبر 1955 ببعض العناصر الشيوعية المصرية من الذين كانوا على صلة بالشيوعيين السودانيين، وحاول تجنيدهم للسفر إلى السودان لهذا الغرض لإقناع رفقائهم هناك بتأييد القاهرة وسياسة الاتحاد مع مصر، وكان صلاح الدين لا يدرك من المناقشات العلنية الدائرة فى الخرطوم أن الشيوعيين السودانيين كانوا أكثر تأييدا لاستقلال السودان من المهدى والأزهرى!، غير أن قبول مجلس قيادة الثورة استقالة صلاح وَأَدَت هذه المحاولة التى لم يكتب عنها صلاح شيئا فى مذكراته.
