أكد مجمع البحوث الإسلامية بالأزهر الشريف رفضه لما تردد من فتوى بقتل المعارضين، واصفا ذلك ب"الفهم الخاطئ" واستعمال للنصوص في غير مواضعها وفهمها فهما غير صحيح. وحذر المجمع، في بيان له عقب اجتماعه برئاسة الإمام الأكبر الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر الشريف كما ذكرت وكالة أنباء الشرق الأوسط، من أن مثل هذه الآراء تفتح أبواب الفتنة وفوضى القتل والدماء، مطالبا الجميع بالالتزام بموقف الشريعة الإسلامية التي تؤكد حرمة الدماء والولوغ فيها، وأن القاتل المتعمد لا يدخل الجنة ولا يجد ريحها، وأن القاتل والمتسبب في القتل سواء بالتحريض أو بالرأي شريكان في الإثم والعقاب، في الدنيا والآخرة.
وناشد مجمع البحوث الإسلامية بالأزهر الشريف المصريين جميعا بألا يستمعوا إلى مثل هذه الآراء الشاذة والمرفوضة عقلا ونقلا، حرصا على سلامة الوطن ووحدة أبنائه واللذين يعتبران من أهم المقاصد التي جاءت بها شريعة الإسلام والمسلمين.
وكانت بعض المواقع الإلكترونية قد نقلت فتوى للشيخ محمود شعبان بجواز إهدار دم رموز جبهة الإنقاذ الوطني، لاعتراضهم على الحاكم، وهو ما نفاه شعبان نصا، مبينا أن فتواه كانت للخروج عن الحاكم ومن ينازعه في الحكم.