استنكرت جامعة النيل ما وصفته ب"إصرار الدكتور أحمد زويل على معاداة الجامعة قضائيا طمعا في أرضها ومبانيها"، مشيرة إلى أن زويل أدانه كثيرون وخسر تقديرهم بالفعل بسبب موقفه تجاه الأزمة. وقالت الجامعة على حسابها بموقع التواصل الاجتماعي تويتر: "لقد جاء حكم المحكمة ليقضي بدخول جامعة النيل حرمها الجامعي، ومر شهر من تعسف المسئولين خوفا من صيت ونفوذ العالم الكبير". وجهت جامعة النيل رسالة للعالم أحمد زويل قائلة: "مصر واسعة يا دكتور زويل... وجامعة النيل لن تتخلى عن حقها في الوجود، فإن أردت البناء مصر واسعة... وإن أردت يا دكتور زويل الهدم والمواجهة... وبناء حلمك على أنقاض أحلامنا... فنحن لها... مضطرين آسفين".
كذلك، طالبت الجامعة الدولة "بإنهاء العبث وتوفير أرض جديدة لمشروع زويل والاعتذار له عن ما عشمه به النظام القديم من مباني مخصصة لجامعة النيل"، في إشارة إلى تخصيص رئيس الوزراء الأسبق أحمد شفيق أراضي جامعة النيل لإقامة مشروع زويل عقب الثورة.
وأكدت الجامعة ترحيبها بمشروع زويل العالمي لكن خارج مباني جامعة النيل. وأضافت: "موقفنا ثابت منذ اليوم الأول... نرحب بمشروع زويل إن أراد أن يبدأ مشروعا، ولكن خارج مباني جامعة النيل".