أثار كتاب «نيافة الأنبا بيشوي تلميذ البابا شنودة الثالث.. حارس العقيدة الأرثوذكسية وحامي الإيمان في العصر الحديث»، جدلا داخل أسوار الكنائس؛ حيث احتوى على سيرة الأنبا بيشوي، وأسباب ترشحه للكرسي البابوي، والدفاع عن ترشيح أساقفة الأبرشيات للكرسي البابوي. وركز الكتاب على سرد لعظة البابا شنودة الثالث عن الأنبا بيشوي، المرشح للكرسي البابوي، في ذكرى الاحتفال باليوبيل الفضي لرسامته، ووصفه بالذكاء والتدقيق في كل لفظ وتصرف، وإخلاصه وحمايته للعقيدة الأرثوذكسية، بالإضافة لوصفه بأنه إنسان محبوب بين أعضاء المجمع المقدس والشعب القبطي.
وتطرق الكتاب إلى الإجابة عن سؤال «لماذا ترشح الأنبا بيشوي للكرسي البابوي!؟»، ليجيب مؤلفه مدحت محروس، الباحث القبطي المقرب من الأنبا بيشوى، في 20 نقطة، أهمها دوره في الدفاع عن الإيمان، مدللا على ذلك برده على رواية «عزازيل»، وقضية «ماكس ميشيل»، وكذلك علاقاته بالكنيسة الأثيوبية وكنائس المهجر، ومعارضته الشديدة للرئيس الراحل أنور السادات.
ودافع الكتاب المثير للجدل، عن أحقية ترشيح أساقفة الأبرشيات للكرسي البابوي، من خلال مقال للبابا شنودة الثالث بمجلة الكرازة بتاريخ 5 مايو 1995، والذي دافع فيه عن ترشيح الأساقفة للبطريركية.
وأكد مؤلف الكتاب، أن مجموعة من محبي بيشوي شاركوا في كتابته، ومن بينهم أساقفة وكهنة، وقالك "إن الأنبا أرميا والأنبا بيشوي لا علاقة لهما بالكتاب".
وانتقد الناشط القبطي هاني لبيب، هذا الكتاب، موضحًا أن انتخابات البطريرك تتحول تدريجيًا إلى انتخابات برلمانية، ووصف الحديث عن الأنبا بيشوي كحارس للعقيدة ب"المستفز"، وكأنه الوحيد الذى يحمي الإيمان والدين المسيحي.
وطالب لبيب، لجنة الترشيحات بقراءة الكتاب، ومحاسبة الأنبا بيشوي على عدم اتخاذ إجراءات مناسبة؛ لمنع إصداره.