أكد الدكتور مصطفى الفقي في تصريحات خاصة ل"بوابة الشروق"، أن ما تردد عن استقالته بشكل نهائي من منصبه في البرلمان العربي غير صحيح، حيث إنه تقدم بالاستقالة إلى هيئة مكتب مجلس البرلمان العربي، للتفرغ للحياة السياسية في مصر، وأشار أن هيئة مكتب البرلمان رفضت الاستقالة، "فقررت العدول عنها والاستمرار في منصبي". يذكر أنه ترددت أنباء عن استقالة الدكتور مصطفى الفقي من منصبه، كعضو في البرلمان العربي، وذلك بعد سحب مصر ترشيحه لمنصب الأمين العام للجامعة العربية، والدفع بالدكتور نبيل العربي بدلا منه في اللحظات الأخيرة.