رصد مراقبو التحالف المصري لمراقبة الانتخابات والتحالف المصري للتوعية الانتخابية ودعم الديمقراطية، عدة ظواهر سلبية وانتهاكات تخللت أعمال الرقابة على الاستفتاء على التعديلات الدستورية، كان أبرزها إغلاق بعض اللجان أمام الناخبين، مما تسبب في عزوف عدد كبير من المواطنين عن المشاركة في الاستفتاء على التعديلات، حيث أغلقت بعض اللجان بمركز سمنود بمحافظة الغربية، وذلك في تمام الساعة الواحدة ظهرًا، ولجنة مدرسة حانوت بمركز زفتى بمحافظة الغربية في تمام الساعة الثانية عشر ظهرًا، ولجنة مدرسة عثمان بن عفان بالعمرانية في تمام الساعة الثانية عشر ظهرًا. جاء ذلك، بعد نفي اللجنة القضائية العليا المشرفة على الاستفتاء، ما تردد من وجود بعض لجان الاستفتاء بدون إشراف قضائي، هذا بخلاف رفض بعض رؤساء اللجان التوقيع على بطاقات إبداء الرأي كبديل عن الختم، وذلك في لجنة مديرية المساحة بالدقي. ورصد مراقبو التحالف توزيع مبالغ مالية على الناخبين للتصويت ب"نعم" للتعديلات الدستورية في لجنة مدرسة الرفاعي الابتدائية المشتركة، ولجنة مدرسة سوزان مبارك الابتدائية بالمرج، ولجنة مدرسة المعلمات، والمدرسة الزخرفية بأسوان بمدرسة عمر بن الخطاب بحي أبو هلال بمحافظة المنيا، حيث حصل الموظفون في المدرسة الثانوية بالخصوص على بطاقات الاستفتاء من المواطنين والتصويت نيابة عنهم بالأيدي بعد أن يعرفوا ما يريدون اختياره. ورفض بعض الناخبين من السيدات والمنتقبات استخدام الحبر الفسفوري، وذلك في لجنة مدرسة محمود صدقي بالإسكندرية، ولجنة مدرسة الخديوي إسماعيل بشارع طوبار بالقاهرة، وفي بعض اللجان تم السماح للناخبين من المنتقبات بالإدلاء بأصواتهن دون التعرف على هويتهن الشخصية، وذلك في لجنة مدرسة حدائق القبة. في منطقة الكوم الأحمر بمحافظة 6 أكتوبر بمدرسة الابتدائية المشتركة بنين حدثت مشاجرات بالأيدي بين شباب 25 يناير والإخوان، بسبب حث الإخوان المواطنين على اختيار "نعم" وتدخل الجيش لفض المشادات، وتم وقف اللجان حتى تهدئة الوضع.