أعدت الجمعية المصرية لدعم التطور الديمقراطى، تقريرا صادرا عن بعثة تقصى الحقائق التابعة لها، حول حادث كنيسة القديسين بالإسكندرية، خلص إلى دعوة رئيس الجمهورية ومجلسى الشعب والشورى والأحزاب السياسية ومؤسسات المجتمع المدنى والنقابات المهنية والعمالية والقوى السياسية والاجتماعية ومشيخة الأزهر والبطريركية المرقسية إلى تشكيل المجلس القومى للوحدة الوطنية، تكون مهمته إعادة بناء الثقة بين المواطنين على جانبى الطرفين، وإقامة حوار فى إطار من المصارحة والمكاشفة حول القضايا التى يطرحها الأقباط و المسكوت عنها والتى تشمل قضايا التعليم، وأوقاف الكنيسة، وكتابة التاريخ القبطى، وتولى الوظائف العامة، وبناء الكنائس، والتدخل فورا عند حدوث أى مشكلة طارئة قد تنشأ لظرف ما. كما شملت التوصيات التى أصدرتها البعثة، التأكيد على أن اعتداء الإسكندرية والأحداث السابقة هى نتاج طبيعى للمناخ السياسى والثقافى والاجتماعى، الذى أفرزته عقود الاستبداد والشمولية واحتكار السلطة والرأى الواحد، وهو ما يفرض على الدولة ضرورة العمل بسرعة على تحقيق إصلاح سياسى شامل، ونظام ديمقراطى تكفل آلياته مواجهة هذه الأحداث بلا تشنج أو عنف، ودون تخوين أو تكفير متبادل بين أنسجة المجتمع، فضلا عن دعوة الدولة ومؤسساتها المعنية مثل وزارات التعليم والثقافة والإعلام والشباب، إلى العمل بوضوح من خلال أنشطتها المختلفة على ترسيخ قيم الديمقراطية والتسامح وقبول الآخر واحترام حرية العقيدة وحقوق الإنسان، إلى جانب دعوة مؤسسات المجتمع المدنى والأحزاب السياسية إلى تبنى برامج أكثر فعالية فيما يتعلق بمفاهيم التربية المدنية خاصة وسط قطاعات الطلبة والشباب والفئات الشعبية، بالإضافة إلى قيام النيابة العامة بإجراء تحقيق موسع وعلنى حول الأحداث وملابساتها لكشف النقاب عن حقيقة الاعتداءات والمتورطين فيها، وسرعة تقديمهم للمحاكمة.