رفض مجمع البحوث الإسلامية تقرير الحريات الدينية الصادر عن الخارجية الأمريكي، معتبرا أنه "تدخل غير مقبول في الشئون الداخلية لمصر"، وفقا للمتحدث الرسمي لمشيخة الأزهر السفير محمد رفاعة الطهطاوي، وأضاف رفاعة في المؤتمر الصحفي الذي عقد اليوم الخميس، بعد اجتماع المجمع، أن أعضاء المجمع فضلوا تأجيل إصدار بيان يرد على التقرير الأمريكي لسببين، أولهما عقد جلسه خاصة يعرض فيها ما ورد في التقرير الأمريكي بعمق وأسلوب علمي، والثاني رأى أن يكون التشاور بين الأزهر وممثلي الكنائس المسيحية بحيث يصبح الموقف من هذا التقرير منفردا من الأزهر، ولكن يعبر عن التوافق الوطني، ولجنة الاتصال مع زعماء الكنائس الموجودين في مصر تمهيد اللقاء الكبير مع الكنيسة الأرثوذكسية لإصدار بيان موحد بهذا الشأن. وقرر إرجاء إصدار بيان للرد على التقرير حتى يوم 6 ديسمبر المقبل لعقد جلسة طارئة للمجمع للرد على التقرير بعد دراسته بدقة. كما أصدر المجمع فتوى، كما قال الطهطاوي، ردا على طلب من دولة نيجيريا تسأل تطبيق حد السرقة في الشريعة الإسلامية، وهو قطع اليد، علما بأن معظم الشعب النيجيري دون خط الفقر، ورأى المجمع أنه على القاضي أن ينزل بالعقوبة من القطع إلى التعذير، خاصة أن هناك حالة من الفقر وسوء توزيع الثروة لأن الإسلام يقيم العدل قبل الحد". كما ناقش المجمع ما أثير فى المملكة المتحدة حول قيام أحد خريجي الأزهر، يدعى محمد صبحي الشرقاوي، يعمل مديرًا لإحدي المعاهد تحمل اسم "أكاديمية عباد الرحمن"، وقد نصب نفسه مفتيا أكبر بإنجلترا، مدعيا أن الأزهر وافق على ذلك، وأخذ يطلق فتاوى كجواز الشذوذ الجنسي، وغيرها من الفتاوى المنحرفة، ويشارك في التحاور مع بعض القيادات اليهودية باسم الأزهر الشريف، وأكد الطهطاوي أن الأزهر قام بسحب رخصة المعهد وإنهاء أي صفة رسمية لهذا الشخص بالأزهر، وأكد الطهطاوي أن الأزهر يرحب بالحوار مع كل أصحاب الأديان، لكن لا يقبل الحوار مع الذين يؤيدون سياسات العدوان والاحتلال واغتصاب الحقوق. كما تطرق المجمع إلى الأحداث الأخيرة بمحافظة الجيزة معبرًا عن أسفه البالغ للأحداث، راجيًا أن تزول أسبابها، مطالبًا المسؤولين بالحكمة فى التعامل مع تلك الأمور، انطلاقا من الوحدة الوطنية والحرص على استقرار مصر.