استنكر قداسة البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية بطريرك الكرازة المرقسية ما أثير في الإعلام مؤخرا من قبل بعض المسيحيين مطالبين بالالتحاق بجامعة الأزهر للدراسة. وقال البابا شنودة في محاضرته الأسبوعية إنه لا داعي لإثارة مثل تلك الأمور التي لا طائل منها، خاصة في ظل ما نعيشه حاليا من تنوع التعليم ووجود العديد من الجامعات الحكومية والخاصة والأجنبية. وأشار إلى أن جامعة الأزهر جامعة دينية عريقة تقوم على تعليم الدين الإسلامي في الأساس إلى جانب العلوم العامة، منبّها إلى ضرورة عدم التطرق إلى الموضوعات التي تؤدى إلى زيادة الشحن والتوتر الطائفي. ودعا إلى الاهتمام بدعم قيم المواطنة والمشاركة السياسية والحوار البناء بين أتباع الديانات المختلفة انطلاقا من المساحات المشتركة وبما يعزز الوئام والسلام الاجتماعي.