أزمة كبيرة أثارتها اللائحة الطلابية الجديدة للجامعات ما بين مؤيد ومعارض للائحة ومقترحاتها ولم يتوقف الأمر فقط عند الخلاف عليها ولكن استمرت اللائحة في طريقها للأقرار مرورا بمكتب وزير التعليم العالي الذي صدق علي اللائحة وأقر بذلك شرعية أتحاد طلاب مصر المزعوم. و يقول سامح الناجي مساعد أمين أتحاد جامعة القاهرة لبوابة الشباب: هناك عدة أمور مثار الخلاف في هذة قضية اللائحة الطلابية أولها تمريرها دون أستفتاء طلابي وهو ما خرجت عدد من الحركات السياسية بالجامعات لترفضه بشكل تام ومنهم 6 ابريل وحزب التيار المصري والاشتراكيين الثوريين والتحالف الاشتراكي والوسط وغيرهم كما رفضتة عدد كبيرمن أتحادات الجامعات وهي عين شمس والقاهرة وحلوان وأسيوط وبعض كليات الأسكندرية والحركات الحزبية والسياسية كحزب الغد والدستور وحركة أحرار وطلاب الحرية والتيار الشعبي خلال مؤتمر صحفي عقدوه بجامعة عين شمس في شهر أكتوبر الماضي. بالاضافة لعدم ذكر الجامعات الخاصة باللائحة وكذلك عدم تمثيلها في انتخابات أتحاد طلاب مصر وهذا ما جعل أمناء أتحاد عدة جامعات خاصة ترفض شرعية هذا الكيان لعدم تمثيلهم به كطلاب مصريين . واضاف سامح الناجي قائلا الأمر المثير لأستياء أمناء وأمناء مساعدين الأتحادات هو ان مقترح اللائحة المقدم بأسم أتحاد طلاب مصر تحديدا باسم رئيس اتحاد الطلبة بجامعه الزقازيق أحمد عمر أمين و هو الذي تم تمريرة للمجلس الأعلي للجامعات بتاريخ 18 أكتوبر دون معرفة الطلاب والتعامل معه وأقراره وكأنة المقترح الجامع لناتج ورش العمل المنعقدة لوضع مقترحات تعديل اللائحة بأيدي الطلاب وهو ما استفز الطلاب وجعلهم يخرجون في مظاهرة علي الوزير دكتور مصطفي مسعد في مقر وزارة التعليم العالي يوم 23 أكتوبر . ولقد تقدم أمناء أتحادات الجامعات بمذكرة رسمية من الوزير عدم التعامل مع أتحاد طلاب مصر ككيان شرعي ممثل عن طلاب مصر ولا مع أحمد عمر بصفتة رئيس الأتحاد متسائلين عن شرعية أتحاد تمت أنتخاباتة في ساعة متأخرة من الليل بمعسكر ليعبر عن 4 مليون طالب مصري دون تمثيل كل الجامعات و والمعاهد العليا به وأكد في سامح أنه أنه تم رفع دعوى قضائية علي الطالب أحمد عمر لانتحالة صفة رئيس كيان اتحاد طلاب مصر دون انتخابة بشكل حقيقي من كافة الاتحادات