الموقع الجغرافي الحدودي لمحافظة أسوان ومرور نهر النيل بها فضلا عن كونها محافظة سياحية أدي لوجود عدد من الموانئ النهرية والبرية والجوية بها . شهد عام 1964 بعد تحويل مجري نهر النيل وتكون بحيرة ناصر إنشاء ميناء السد العالي شرق كبديل لميناء الشلال الذي كان يستخدم قبل تحويل مجري النيل. وتم تخصيص ميناء السد العالي لاستخدام جميع أنواع النقل النهري بين مصر والسودان في إطار خطة التكامل بين القطرين. ويقول العميد ياسر حسنون رئيس ميناء السد العالي إن هناك عددا من الإدارات التي يضمها ميناء السد العالي شرق منها إدارات تابعة لجهات أمنية ووزارات النقل والصحة والزراعة والتجارة والمالية. بجانب هيئة وادي النيل للملاحة النهرية باعتبارها الجهة المسئولة عن نقل الركاب عن طريق باخرتين هما ساق النعام وسيناء وتبلغ طاقة كل منهما 600 راكب وحمولتها 820 طنا وتنقسم إلي درجتين أولي وثانية . وتتحرك البواخر من ميناء السد العالي شرق إلي ميناء الشهيد الزبير بوادي حلفا يوم الأحد من كل أسبوع. وتبدأ رحلة العودة من ميناء الشهيد الزبير يوم الثلاثاء لتصل ميناء السد العالي يوم الأربعاء. وأشار إلي أن هناك رحلات إضافية عند كل ضرورة تتحرك من ميناء السد العالي إلي ميناء الزبير وذلك طبقا للأحوال مثل تكدس الركاب أو المواسم. وتقطع الباخرة مسافة 500 كم من ميناء السد العالي إلي ميناء الشهيد الزبير منها 350 كم في الحدود المصرية و150 كم في الحدود السودانية وتستغرق الرحلة حوالي 17 ساعة. وأضاف حسنون أن هيئة وادي النيل للملاحة النهرية تقوم بنقل البضائع والأمتعة للركاب والمصدرين علي صنادلها البالغ عددها 20 صندلا تتراوح حمولتها ما بين 240 إلي 350 طنا تقريباً للصندل الواحد . وعن المراسي الموجودة بالميناء قال حسنون: يوجد مرسي الركاب والبضائع بطول 500 متر وعدد 2 مرسي سياحي أحدهما شرقي والآخر غربي ترسو عليهما 7 فنادق عائمة وجميعها مخصص للإبحار ما بين ميناء السد العالي ومعبد أبو سمبل فقط. عدا الذهبية التي تم التصديق لها للإبحار حتي ميناء الشهيد الزبير بحلفا. (بجانب مرسي الخدمة الوطنية وتابع له 10 صنادل) وقال العميد ياسر حسنون: تم مؤخرا إنشاء مخازن تحت التحفظ للبضائع الواردة من المنفذ النهري والمنافذ البرية مزود بثلاجات تبريد لحفظ المواد الغذائية. كما تم إعادة تشغيل مكتب الإفراج الجمركي المؤقت للسيارات بعد أن ظل مغلقا لمدة3 سنوات . وأشار إلي أنه تم التواصل مع عدد من المستثمرين في عدد من دول العالم لتحديث أسطول نقل الركاب والبضائع بوحدات نقل سريعة وعبارات لنقل السيارات والأتوبيسات والشاحنات واختصار زمن الرحلة من 17 ساعة الي 4 أو 6 ساعات. والي جانب ميناء السد العالي شرق يوجد ميناءا قسطل وأرقين البريان. علي الحدود السودانية ويعتبر ميناء أرقين نقطة الانطلاق الأولي لمحور » الإسكندرية / كيب تاون» خاصة أنه يربط أكبر تكتل أفريقي من البحر المتوسط حتي المحيط الهادي و يخدم الحركة التجارية مع 15 دولة أفريقية تقع علي الطريق التجاري البري لهذه الدول .