وزير الأوقاف كشف تقرير الجهاز المركزي للمحاسبات عن وزارة الأوقاف عن الفترة من أول يوليو 2008 حتي آخر يونيو 2009 عن العديد من المخالفات المالية والملاحظات والظواهر العامة الخطيرة. تبين أن أهم الملاحظات بتقرير جهاز المحاسبات عن مبادئ إعداد وتنفيذ الموازنة هي تحميل موازنة ديوان عام وزارة الأوقاف مبالغ جملتها حوالي 7,1 مليون جنيه قيمة ضريبة المبيعات علي توريدات سجاد تم صرفها لأحد مصانع السجاد التابعة لهيئة الأوقاف المصرية علي الرغم من صدور فتوي إدارة الفتوي لوزارات الصحة والأوقاف والشئون الاجتماعية وشئون الأزهر بمجلس الدولة بعدم خضوع وزارة الأوقاف لتلك الضريبة علي التوريدات المذكورة! وقد أفادت وزارة الأوقاف بأنه تمت مخاطبة هيئة الأوقاف المصرية المشرفة علي المصانع لموافاة الوزارة بشيك المبلغ المذكور.. واتضح من تقرير جهاز المحاسبات أنه تم الخصم علي الموازنة بنحو 5 ملايين جنيه قيمة دعم لصندوق التأمين الخاص بالعاملين بالوزارة بالمخالفة لأحكام المادة «6» من التأشيرات العامة المرافقة لقانون ربط الموازنة العامة للدولة للسنة المالية 2008/2009 والتي تقضي بأنه علي الجهات الداخلة في الموازنة العامة للدولة مراعاة عدم صرف أو تخصيص أي مبالغ لدعم الموارد المالية لتلك الصناديق سواء بصورة مباشرة أو غير مباشرة. وكشف تقرير جهاز المحاسبات حول إيرادات وزارة الأوقاف.. عدم خصم النسبة المقررة تحت حساب ضريبة الأرباح التجارية والصناعية عن مستحقات إحدي شركات الكهرباء من استهلاك الكهرباء بالمساجد التابعة لمديرية أوقاف المنيا وقد بلغت جملتها 8 آلاف جنيه.