وفقا لمركز هيرشي الطبي التابع لجامعة بنسلفانيا الأمريكية فإن أشعة الرنين المغناطيسي رغم فاعليتها التشخيصية فإنها لا تصلح للاستخدام مع كل المرضي. وحدد المركز نوعية الحالات التي لا يصلح استخدام أشعة الرنين معها كالآتي: الأشخاص الذين يحتوي أجسادهم علي قطع معدنية كشرائح أو مسامير. مرضي القلب الذين يستخدمون منظم ضربات القلب. الحوامل فلم يثبت بعد أثر الأشعة علي الأجنة. مرضي الخوف من الأماكن المغلقة.