واجه تنفيذ طريق الصعيد البحر الأحمر عددًا من الصعوبات والتحديات تم التغلب عليها من بينها صعوبة أعمال النسف والردم الضخمة في عدد من القطاعات ولمواجهتها تم التنسيق مع الهيئة الهندسية بخبراتها لتنفيذ تلك الأعمال بوادي الكيمان بسوهاج حيث وصلت كمية النسف الصخري إلي 2 مليون متر مكعب وكميات الردم 6 ملايين متر مكعب. كما تمت الاستعانة بشركة أبوزعبل للكيماويات، مصنع 18 الحربي لإنجاز أعمال النسف والتفجير علي طول الطريق بالكامل، حيث بلغت كمية الديناميت المستخدمة بهذا المشروع العملاق حوالي 9 آلاف طن. ومن بين الصعوبات الأخري التي واجهت المشروع، الرفع المساحي غير التقليدي نظرًا لوعورة الطبيعة الطبوغرافية للأراضي وعدم إمكانية الوصول لمناطق العمل فوق الهضبة وعدم وجود مصادر للمياه. وقالت وزارة الاستثمار في بيانها: إن مشروعات الاستصلاح الزراعي المتاحة حول الطريق تتمثل في 7841 فدانًا بوادي قنا و5 مناطق بمحافظة أسيوط بمساحة 25 ألفًا و927 فدانًا ووادي أبوتيج في المسافة بين أسيوطوسوهاج بمساحة 8713 فدانًا ومنطقة شرق سوهاج بمساحة 3715 فدانًا ومنطقة أولاد طوق شرق بين سوهاجوقنا بمساحة 8400 فدان وبإجمالي 54 ألفًا و97 فدانًا. وفي مجال الصناعة والتعدين يتيح الطريق الاستثمار علي مساحة 113 ألفًا و167 فدانًا بغرب سفاجا ومنطقة المطاهير الصناعية وجبل الجير شرق قنا. وفي مجال الخدمات والتجارة يتيح الطريق الاستثمار علي مساحة 750 فدانًا شرق وصلة قناوسوهاج والوادي الأسيوطي. وفي مجال التنمية السياحية والخدمات الإقليمية، يتيح الاستثمار علي مساحة 6880 فدانًا منها 2523 فدانًا بمنطقة الظهير الصحراوي لسفاجا، 4357 فدانًا بشرق سوهاج. أما أراضي الخدمات علي جانبي الطريق: فيتيح الاستثمار علي مساحة 23 ألف فدان وهي شريحة من الأراضي بعرض 150 مترًا علي جانبي الطريق بعد حرم الطريق المحدد ب100 متر لإقامة الفنادق والاستراحات والمطاعم ونقاط الإسعاف ومحطات الخدمة وورش الصيانة السريعة للسيارات والأنشطة الزراعية والصناعية والسياحية التي تخدم الطريق والمارة. كما يتيح الطريق 11 تجمعًا عمرانيا في محافظات أسيوطوسوهاجوقنا والبحر الأحمر علي مساحة 5259 فدانًا.