أبدى نادى قضاة مصر اعتراضه على وضع القضاء فى مسودة الدستور خاصة فيما يتعلق باختصاصات القضاء ووضع النيابة لعامة. وقال القضاة فى بيان لهم إن الفقرة الأخيرة من المادة 32 من مسودة الدستور ” الحقوق والحريات ” نصت على أن ” القانون ينظم مدة الحبس الاحتياطى وأسبابه ، ويحدد حالات الحبس الاحتياطى التى يستحق عنها التعويض ، وحالات استحقاق التعويض عن تنفيذ عقوبة صدر حكم بات بإلغاء الحكم المنفذة بموجبه ، وتلتزم الدولة بأداء هذه التعويضات دون إعفاء المسئول الأصلى عن التعويض . وبرروا ذلك أن المسئول الوحيد عن قرار أو قضاء الحبس إما النيابة العامة أو قاض التحقيق أو المحكمة ومن ثم فإن النص يعني أن يلتزم هؤلاء كمسئولين أصليين عن الحبس بتعويض المضرور منه إن برئ وهذا يؤدي إلى كارثة فلا يمكن أن يعمل القاضي وسيف الملاحقة القضائية معلق في رقبته . أما فيما يتعلق بفصل السلطة القضائية وُضِع القضاء في الفرع الأول من المادة 175 وحتى المادة 178 فقد حذف من مشروع لجنة نظام الحكم الفقرة الأخيرة من المادة 176 التي كانت تنص على أن القضاة متساوون في الحقوق والمزايا والواجبات ، كما حذفت الفقرة الأخيرة من المادة 177 والتي كانت تنص على أن لا يجوز تعديل قانون السلطة القضائية إلا بعد العرض على مجلس القضاء الأعلى وفي ذلك مساس باستقلال القضاء عن السلطة التشريعية ويؤدي إلى تغولها في السلطة القضائية وهذا ما يرفضه القضاة . وفيما يتعلق بالنيابة العامة فقد وضعت النيابة في الفرع الثاني المادة 179 تحت مسمى سلطة الإدعاء “تتولى النيابة العامة الادعاء العام ، ويحدد القانون اختصاصاتها الأخرى” ومعها النيابة المدنية المادة 180 ” تتولى النيابة المدنية تحضير الدعاوى المدنية والتجارية ، ويحدد القانون اختصاصاتها الأخرى “ والنيابة الإدارية المادة 181 ” تتولى النيابة الإدارية التحقيق فى المخالفات المالية والإدارية وما يرد إليها من الهيئة العليا لمكافحة الفساد ، على أن تحيل الجرائم الجنائية إلى النيابة العامة لاتخاذ شئونها فيها، وتتولى تحريك ومباشرة الدعوى التأديبية ، واتخاذ الإجراءات القانونية لمعالجة أوجه القصور فى أداء المرافق العامة ، ويحدد القانون اختصاصاتها الأخرى “ وقالوا إن ذلك له مدلولات تتمثل فى أن النيابة العامة وهي شعبة أصيلة من شعب القضاء قد فصلت عن القضاء بغير مقتضى مما يؤثر على حصانتها واستقلالها وهذا ما يرفضه القضاة. بالإضافة إلى ذلك فإن النيابة العامة قد سلب منها سلطة التحقيق بغير مقتضى وهو تعدي على سلطات النيابة العامة التي تمثل المجتمع في الدعوى الجنائية والأمينة عليها وهذا ما يرفضه القضاة ، و أن عدم النص على أن النيابات العامة والمدنية والإدارية هيئات قضائية مستقلة يعني أنه من الوارد ومن غير المحظور مستقبلاً أن يتبعوا السلطة التنفيذية بقانون أو أن يدمجا في النيابة العامة التي هي شعبه أصيلة من شعب القضاء بقانون وهذا ما يرفضه القضاة.