أعلن الدكتور عبد العزيز حجازي، رئيس الوزراء السابق، استقالته المسببة من رئاسة مجلس أمناء جامعة النيل اعتراضا على الإنحياز الصريح من جانب الحكومة لصالح مشروع مدينة زويل العلمية على حساب جامعة النيل رغم الأحكام القضائية الملزمة. وأرسل الدكتور حجازي إستقالته المطولة إلى الدكتور حسام عيسى وزير التعليم العالي باعتباره رئيس اللجنة الوزارية المشكلة من رئاسة مجلس الوزراء لإنهاء أزمة جامعة النيل المتواصلة على مدار نحو 3 سنوات متصلة شهدت الكثير من التواطئ الحكومي والتعنت الصريح من جانب مشروع مدينة زويل. وقال حجازي في نص استقالته: "بعد أن برز واضحا أن الدكتور أحمد زويل يصر على فرض إرادته على ما لا يملك ولو على حساب المصلحة العامة المتعلقة بحقوق الطلاب والباحثين الذين وقفو كحائط صد ضد الإستحواذ الجبري الذي حصلت عليه مدينة زويل، أصبح من واجبي أن أعلن للرأي العام رأيي في مسلسل جامعة النيل وأقدم استقالتي من رئاسة مجلس الأمناء بعد أن طفح الكيل من تصرفات القائمين على مدينة زويل. وشدد رئيس وزراء مصر السابق في استقالته على حق الدكتور أحمد زويل في إقامة مشروعه العلمي، على ألا يكون ذلك على حساب جامعة النيل، مستهجنا "إصراره على تسمية المشروع باسمه بالرغم من أن تسمية المشروعات العلمية باسم الأشخاص بات جزءا من الماضي البعيد منذ تحولت جامعة فؤاد الأول إلى جامعة القاهرة وجامعة فاروق الأول إلى جامعة الأسكندرية، خاصة وأن زويل لم يسهم في إنشاء المدينة التي يطلب إطلاق اسمه عليها سوى مذكرة بمقومات المشروع الذي لم ينفذ منه حتى الأن سوى مركز للبحوث الدوائية قام بتمويله الدكتور عباس حلمي". وسرد حجازي في نص إستقالته تفاصيل انشاء جامعة النيل منذ عام 2001 وحتى الأن وعلاقته بمشروع مدينة زويل التي لا وجود لها على أرض الواقع حتى الأن وصولا إلى صدور قرار المحكمة الإدارية العليا في شهر أبريل الماضي بإلزام الحكومة بتسليم مقر وأراضي جامعة النيل إلى أصحابها وإلغاء قرارات مجلس الوزراء السالبة لهذه الحقوق، وقرار أخر بإلزام الحكومة باصدار قرار تحويل جامعة النيل إلى جامعة أهلية المعطل منذ يناير 2011. ولفت رئيس مجلس أمناء جامعة النيل في نص إستقالته إلى أطروحات زويل المتكررة للإلتفاف على الحقوق وعدم تنفيذ أحكام القضاء والتي كان أخرها أن طلب من الحكومة تخصيص قطعة أرض أخرى لجامعة النيل ومنحها 90 مليون جنيه من أموال التبرعات التي جمعها من المصريين لبناء مقر جديد، معتبرا أن ذلك مخططه الأصلي للإستيلاء على مقر علمي متكامل لم يعمل على بناء حجر واحد فيه. وقال الدكتور عبد العزيز حجازي إن لديه ثقة كاملة في طلاب وباحثي وأساتذة جامعة النيل وأنه قادرون على استكمال مسيرة جامعتهم المتميزة في المباني والمعامل الخاصة بها، إلا إن كان زويل يمثل سلطة جديدة فوق سلطة الدولة التي لا يحترم قراراتها، مشيرا إلى أن استمراره في تحدي الدولة والقضاء لن يرفع من شأن مشروعه بل على العكس تماما. من جانبه أصدر مجلس أمناء جامعة النيل بيانا ردا على خطاب الإستقالة المقدم من الدكتور عبد العزيز حجازي، أجمع فيه أعضاء المجلس على تثمين جهوده منذ توليه مهمة رئاسة المجلس وناشده الجميع تأجيل البت في الإستقالة نظرا لحاجة الجامعة إلى قيادته خلال هذه المرحلة التي سيتحدد خلالها مصير جامعة النيل كجامعة بحثية أسهمت ولا زالت تسهم في تنمية وتطوير العملية التعليمية والبحثية في مصر .