طالب مؤتمر العلمانيين بتشكيل مجلس أعلي للكنيسة القبطية لتسيير أمورها وتقليص سلطات البابا شنودة. واقترحت الجماعة خلال مؤتمرها الرابع الذي عقد مؤخرا تحت عنوان المتطلبات الأساسية لإدارة وتدبير الكنيسة أن يتكون المجلس من 3 كيانات رئيسية أولها البابا البطريرك ومعاونيه ثم المجمع المقدس ومجمع العلمانيين. وأشارت الجماعة في الورقة التي أعدها إسحاق حنا إلي ضرورة تعيين نائب باباوي وتشكيل دوائر معاونة للبابا في عمله في مقدمتها دائرة التعليم اللاهوتي والمعاهد الكنسية المتخصصة ودائرة التشريع والقانون الكنسي ودائرة الطقوس والعمارة الكنسية ودائرة الإعلام والعلاقات العامة ودائرة الرعاية الصحية ودائرة الديوان البطريركي. وأكدت الجماعة ضرورة التخلص من مصطلح المجلس الملي لما تنطوي عليه من أبعاد طائفية واستبدال هذا المصطلح بمجلس العلمانيين أو مجلس نيابي للكنيسة يقوم علي الانتخاب. كما طالبت الجماعة بأن يناط للمجلس النيابي مهام إعداد قانون لتشكيل لجان الأسرة ومجالس التوفيق في المنازعات الأسرية والنظر في قانون الأحوال الشخصية والإشراف علي الأوقاف والممتلكات القبطية وتولي أمر الإيرادات والمصروفات الكنسية وحصر جميع إيرادات الكنيسة والعمل علي استثمارها وإعداد الموازنة العامة ومراجعة التقارير المالية المرفوعة من الكنائس والإيبارشيات.