طالب العلمانيون الأقباط بضرورة إنشاء مجلس أعلى للكنيسة القبطية الأرثوذكسية، مهمته منع البطريرك من الانفراد بسلطة اتخاذ القرار، خاصة أن الكنيسة – حسب قولهم - كيان متعدد الجوانب والوظائف والمسؤوليات. وأوضح الناشط القبطى إسحاق حنا، خلال المؤتمر السنوى الرابع للعلمانيين الأقباط، مساء أمس الأول، أن فكرة المجلس الأعلى للكنيسة القبطية تقوم على إشراك «3 كيانات أساسية» فى عملية الإدارة، أولها البابا البطريرك ومعاونوه «النائب البابوى»، والثانى مجمع الأساقفة «المجمع المقدس»، والثالث مجمع العلمانيين «المجلس الملى بعد تطويره»، على أن يعتمد المجلس فى إدارته على التخطيط والقوانين واللوائح المنظمة وليس على الأهواء الشخصية، والفعل ورد الفعل. وشن منظمو المؤتمر هجوماً حاداًعلى الأنبا بيشوى، سكرتير المجمع المقدس، مطران دمياط، متهمين إياه بإخفاء وثائق الوحدة بين الكنائس ومحاربتها فى العلن لتعبئة مشاعر الأقباط لكى يكون على رأس القائمة المرشحة للكرسى البابوى. وقال كمال زاخر، منسق عام جبهة العلمانيين الأقباط: «نتهم الكنيسة بازدواجية التعامل، لأن هناك كلاماً يقال فى الاجتماعات الخاصة، وآخر يقال للناس، والخطورة تكمن فى أن الأنبا بيشوى شكك فى قوانين أجمع الباحثون والدارسون على مر التاريخ فى كل الكنائس على تأكيدها».