بعد أيام قليلة من تشكيله تفجرت أزمة عنيفة داخل ملتقي اليسار بين قيادات حزب التجمع اليساري المعارض بين رئيس الحزب الدكتور رفعت السعيد وعضو المكتب السياسي عبدالغفار شكر رئيس الملتقي بسبب الموقف من جماعة الإخوان المسلمين. ويري السعيد أن الهدف الأساسي للملتقي يتركز علي مواجهة تنامي شعبية الإخوان في الشارع السياسي بينما يري شكر أن الهدف من الملتقي هو التعامل مع القضايا الجماهيرية مثل خصخصة القطاع العام والخدمات والمطالبة بتحرير الأحزاب وإتاحة الحرية لها للتحرك في الشارع. وأكد السعيد أن الهدف الأساسي من الملتقي إيجاد بديل ثالث بين الحزب الوطني. المرفوض شعبيا بسبب سياساته وجماعة الإخوان المسلمين التي تقوم بالاتجار بالدين لكسب قاعدة شعبية مشيرا إلي أن الجماهير ترفض الانتماء للحزب الوطني لذلك فالهدف الأساسي للملتقي هو مواجهة البديل الثاني هي جماعة الإخوان المسلمين. وأشار إلي أن رفضه مطالب بعض أعضاء حزبه بتغيير اسم الحزب إلي التجمع التقدمي الإسلامي بدلا من الاشتراكي لمواجهة الإخوان مبررا ذلك برفضه استخدام نفس الدين في السياسة لأنه نفس أسلوب التيار الديني وقال عبد الغفار شكر إن المواجهة مع الإخوان تحتاج لاستعداد ومن قوي اليسار التي تعد مستعدة الآن للدخول في مثل هذه المواجهة مشيرا إلي أن القضايا الجماهيرية سوف تساهم في جعل اليسار قوة مؤثرة ويمكنها مواجهة الإخوان.