يشهد حزب التجمع اليساري خلافات شديدة بين قياداته حول الموقف من حركات الإسلام السياسي عموما وجماعة الإخوان المسلمين على وجه الخصوص ، وهجوم رئسي الحزب الدكتور رفعت السعيد الدائم على الجماعة في المؤتمرات والندوات وصحف لجنة السياسات وعلى رأسها "روزاليوسف" الصحيفة والمجلة . وكشفت مصادر داخل الحزب عن وجود اتجاهين فيما يتعلق بالعلاقة مع الإخوان المسلمين ، الاتجاه الأول يرى أن هناك خلافات فكرية وسياسية بين الحزب والإخوان كما هو الحال ما بين الحزب وغيره من الأحزاب السياسية الأخرى ، لكن هذه الخلافات الفكرية لا تنفى وجود قضايا سياسية محل اتفاق بين الطرفين ويمكن التنسيق فيها ، مثل مطالب الإصلاح ورفض حالة الطوارئ ومواجهة الهجمة الأجنبية وغيرها من الأمور التي يجب على القوى السياسية المعارضة أن تنسق فيما بينها . ويرفض أصحاب هذا الاتجاه ، الذي يمثله حسين عبد الرزاق الأمين العام للحزب الدكتور جودة عبد الخالق أمين اللجنة الاقتصادية بالحزب وإبراهيم العيسوي وعبد الغفار شكر عضوي المكتب السياسي للحزب ، الهجوم الدائم من رفعت السعيد على الجماعة. أما الاتجاه المضاد ، ويمثله الدكتور رفعت السعيد رئيس الحزب والدكتور سمير فياض نائب رئيس الحزب ، فإن أنصاره يرفضون التنسيق مع الإخوان جملة وتفصيلا ويؤيدون مواصلة توجيه الانتقادات للجماعة . من جانبه ، اعتبر عبد الغفار شكر عضو المكتب السياسي للحزب أن الموقف من الإخوان المسلمين مطروح للنقاش داخل الحزب في نشرة داخلية تضم كل الآراء والتوجهات فيما يتعلق بالعلاقة مع الجماعة وهذا الآراء ستعرض على اجتماعات الأمانة العامة واللجنة المركزية القادمة لاتخاذ قرار بشأن هذه العلاقة ، نافيا أن يكون هناك أي خلاف حاد بين قيادات الحزب ولكنها مجرد اختلافات في وجهات النظر ، وهو أمر طبيعي.