يؤيد اتحاد شباب الثورة قرار الدكتور محمد مرسي رئيس الجمهورية في تطهير المؤسسات السيادية للدولة من أتباع مبارك، والحفاظ علي أهداف الثورة بالتغيير وتطهير تلك المؤسسات الحساسة لحماية الثورة وأهدافها ودعم مسيرة الاستقرار وعودة الحقوق المغتصبة. ودعا الاتحاد الشعب المصري إلى احترام تلك القرارات، والوقوف بجانب الرئيس المنتخب وتطهير تلك المؤسسات. واستنكر بيان الاتحاد قرار تعين وزير الدفاع، المشير حسين طنطاوى اللواء حمدى بدين مساعداً له ومستشاراً لشئون سيناء، وذلك بعد إعفاء رئيس محمد مرسي اللواء حمدي بدين من منصبه كقائد للشرطة العسكرية قال عمر الحضري عضو المكتب التنفيذي واحد المتحدثين باسم الاتحاد: لعل إلغاء الإعلان الدستوري سيضع الأمور في نصابها الحقيقي في فتره وجيزة وهو الحل المؤكد لهذه المشاكل .