أعلنت جامعة القاهرة، برئاسة الدكتور جابر نصار، عن فصل الدكتور سيف عبد الفتاح من الجامعة وكلية الاقتصاد والعلوم السياسية، نظراً لانقطاعه عن العمل، لفترة تجاوزت الشهر. وجاء قرار الجامعة، بعدما أرسلت كلية الاقتصاد والعلوم السياسية مذكرة تفيد بتغيب أن الكلية أرسلت اليه مذكرة تفيد بانقطاع سالف الذكر عن العمل، وتجاوزه فترة الغياب المنصوص عليها وفقا لقانون تنظيم الجامعات، وهي شهر متواصل. وكانت جامعة القاهرة في شهر فبراير من العام الماضي، قد قررت وقف كل من الدكتورة باكينام الشرقاوي مساعد الرئيس المعزول محمد مرسي للشؤون السياسية، والدكتور سيف الدين عبد الفتاح، عن العمل لمدة 3 شهور، وإحالتهما للتحقيق لاتهامهما بالتحريض على أحداث الشغب التي شهدتها كلية الاقتصاد والعلوم السياسية خلال حفل تأبين الدكتور عبد الملك عودة عميد الكلية الأسبق. وشملت الاتهامات في قرار الإحالة للتحقيق "الجمع بين وظيفتين، وتقاضي رواتبهما من كلية الاقتصاد والعلوم السياسية بجانب مرتباتهما من وظيفتهما برئاسة الجمهورية بالمخالفة لقانون تنظيم الجامعات، كما لم يتقدما بأي إجازات من الجامعة، بالإضافة إلى عمل الدكتور سيف عبد الفتاح مستشارًا للرئيس المعزول دون إذن من الجامعة".