دُفن جثمان قداسة البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية بطريرك الكرازة المرقسية بدير الأنبا بيشوي بوادي النطرون وفقا لوصيته. وتبدأ الكنيسة القبطية الأرثوذوكسية صباح الأربعاء فى تلقى عزاء الشخصيات الرسمية فى وفاة البابا شنودة الثالث على فترتين صباحية ومسائية فى مقر المركز الثقافى القبطى بالكاتدرائية المرقسية بالعباسية وسط القاهرة. ويشهد بعد غد الخميس ثانى اجتماع للمجمع المقدس لاعتماد القائم مقام الأنبا باخوميوس وبحث ترتيبات فتح باب الترشيح لانتخابات بابا الاسكندرية الجديد. كانت قد انتهت فى وادى النطرون مراسم دفن البابا وسط صعوبات كبيرة بسبب احتشاد الآلاف داخل وخارج الدير وتعاونت الشرطة العسكرية مع الرهبان وفرق الكشافة من اجل السيطرة على الجماهير التى اعاقت دخول الجثمان ووضعه فى المقبرة المعدة بشكل خاص بناء على وصية البابا ليدفن بها. وقرر دير الأنبا بيشوى بوادى النطرون فتح المكان الذى دفن فيه البابا كمزار دينى اعتبارا من صباح الاربعاء. كانت الطائرة الهليكوبتر العسكرية التي تقل جثمان البابا قد هبطت في المهبط المخصص لها الواقع على نحو 4 كيلو مترات من دير الأنبا بيشوى بوادى النطرون؛ حيث مرقد جثمان قداسة البابا في مسكنه في الدير. كان محافظ البحيرة اللواء مختار الحملاوى في استقبال جثمان قداسة البابا، وقد رافق الجثمان من القاهرة إلى وادي النطرون اللواء حمدي بدين قائد الشرطة العسكرية وعدد من قيادات القوات المسلحة ورجال الدين الإسلامي والمسيحى. وانتهت الاستعدادات فى دير الأنبا بيشوى لاستقبال جثمان البابا شنودة، وقد توافد الآلاف على الدير منذ صباح الثلاثاء بالرغم من قرار المجمع المقدس بحظر الزيارة. ولم يكمل عدد كبير من الأساقفة الصلوات على الجثمان فى القاهرة واكتفوا بالصلوات التى أقيمت فى وقت مبكر حتى يتمكنوا من التوجه الى الدير والتحضير لمراسم الدفن هناك. كما انتقلت الى الدير فرق الكشافة وكورالات الكنيسة للقيام بعزف الموسيقى الجنائزية والتراتيل والألحان الحزينة لحظة مراسم الدفن. وقد شهد شارعا رمسيس وصلاح سالم ازدحاما كبيرا وشللا مروريا بسبب إصرار الآلاف على مرافقة جثمان البابا شنودة لحظة خروجه من الكاتدرائية بالعباسية متجهًا فى عربة مدرعة الى قاعدة ألماظة الجوية تمهيدا لنقله الى وادى النطرون بطائرة عسكرية.